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综合问题文章简介

皆坐 回复了问题 2018-08-29 09:16 fastp FASTQC: 问答使用fastp软件对fastq文件质控的问题

皆坐: 代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:00 FASTQC 软件使用: 问答使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC

孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。仅此而已。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 17:21 问题求解 FASTQC: 问答使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...; 赞同3 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

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