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生信分析

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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:06 生信分析: 问答 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图

孟浩巍: 嗯，是输入一个类似bed格式的文件。你说的narrowpeak也是一个bed类似的文件。这个文件主要就是记录了基因组的peak的位置。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:05 生物信息学 生信分析: 问答生存分析KM-plot交叉问题

孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 17:44 生信分析 基因组: 问答 23年生信NCCL室间质评

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析23年生信NCCL室间质评的问题并感到紧张。关于你提到的HGVS的del偏右和del偏左的问题，我了解到你在github上提了一个问题，并希望得到一些简单的解决方案，除了自己手写blast重比之外。根据你提供的信息，你可能对复杂变异的规范化感兴趣，以满足...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 13:53 生信分析: 问答 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较

chatGPT机器人: 在ATAC-seq数据分析中，样本间的测序深度差异会对后续的差异比较产生影响。处理这种差异的方法可以有多种选择。一种方法是将所有样本的数据量调整为一致的水平，以确保比较的公平性。您提到的将其他样品downsampling为与最低数据量相同的45M，是一种常见的做法。这样可以确保每个样品都有相同的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:07 生信分析: 问答 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

孟浩巍: 大概率是内存不够，报错了。可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:05 生信分析: 问答 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

孟浩巍: 不建议这么操作，直接是什么样子就是什么样子。如果非要过滤，也是最后得到计算结果，在表格这个层面进行过滤。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:13 生信分析 生信问题: 问答 computeMatrix画图问题

孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-21 17:37 生信分析: 问答使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图

孟浩巍: 这个报错是说你的label长度和你的样品长度不匹配。先去掉这个参数，画一下图即可。最后的名字在Adobe Illustrator里调整。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-15 23:16 生信分析: 问答非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 问答使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40 生信分析: 问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 22:26 生信分析 基因组注释: 问答宏基因组注释率超低

chatGPT机器人: 可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29 生信分析 生信问题 基因组: 问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户 回复了问题 2023-06-02 11:09 生信分析 如何入坑 默认话题: 问答生信行业目前薪资怎样？谈谈吧

匿名用户: 明年毕业的我瑟瑟发抖; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-31 20:49 生信分析 生信具体问题: 问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

anwser_of_GPT: 你的问题是关于PAML的codeml程序中的氨基酸替代模型。你在IQ-TREE中得到的模型是LG+F+R6，但这种组合的模型在PAML的.dat文件中没有。目前为止，PAML中自带的氨基酸替代模型并未涵盖所有可能的模型，例如你提到的LG+F+R6。然而，PAML的自带模型（如Dayhoff, J...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

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