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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07 数据处理 R语言: 问答蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-10 21:32 数据处理: 问答序列的二级结构呈现一下

chatGPT机器人: 对于给定的序列GGCTGCTTTACCCGCTGTGGG TCCGGGTTGGCCTTCCACTGG CAGCATCCTTCGGAAAGCTCT CGGTAGAAGCAGGTAGTCTGG CATCCCGCTGCCCCAGTGGAA GATCAGGGCGCGGTAGAAGCA TCTTGTCCAGA...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-11 17:43 数据处理: 问答 linux软件安装

chatGPT机器人: 您好！根据您的描述，您遇到的问题可能是因为您的Python环境中缺少所需的模块或者模块版本不兼容。以下是一些解决方案供您参考： 1. 确保您的Python环境正确安装并配置：请确认您的Python安装路径和环境变量设置正确无误。您可以在终端中运行以下命令来验证Python版本和路径： ```she...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-09 16:13 数据处理: 问答 TWAS联合PWAS做 conditional analysis

chatGPT机器人: 在进行TWAS联合PWAS的conditional analysis时，报错"Error in pred_mat[, 2]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-13 11:54 数据处理: 问答 fusion TWAS 结果报错NA

chatGPT机器人: 根据你提供的情况，fusion TWAS分析结果中出现NA值的可能原因如下： 1. 数据缺失：在输入的RA_EUR_zscore.sumstats文件中，某些行的数据可能存在缺失或不完整。这可能是由于实验或测量过程中的技术问题导致的，或者是数据处理过程中的错误。 2. 样本数量不足：TWAS分析...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-22 10:17 数据处理: 问答 Homer预测motif

chatGPT机器人: 首先，Homer是一款常用于预测转录因子结合位点（TFBS）的工具，它基于de novo motif预测算法。在使用Homer进行motif预测时，通常会使用大量的peak来获得准确的结果。但是，对于少量的peak样本，Homer的预测可能会受到限制。在你的情况中，当你只使用了3个peak来进行...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 17:49 数据处理 Chip_Seq: 问答 annotatePeak peak基因组注释

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 21:00 数据处理 Chip_Seq: 问答验证数据集基因名称

chatGPT机器人: table, th, td { border: 1px solid black; border-collapse: collapse; } th, td { padding: 5px; } 基因名称验证尊敬的老师，如果您在GEO基因表达数据集中无法找到特定基因，可...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-18 11:36 数据处理 Chip_Seq: 问答染色体重叠区域问题

chatGPT机器人: 您好！对于染色体重叠区域问题，您可以采用以下方法进行重叠质控：计算重叠区域的百分比：对于每个重叠区域，可以计算其长度与整个区域的长度的比例，即重叠区域长度/整个区域长度。这可以提供一个衡量重叠程度的指标。考虑重叠区域的位置和功能：重叠区域的位置和功能也可以用来进行重叠质控。例如，如果重叠区域...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19 数据处理 单细胞RNA_seq: 问答如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16 数据处理 Chip_Seq: 问答 SRA 数据批量下载

孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05 数据处理 Chip_Seq: 问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 22:35 数据处理 Chip_Seq: 问答 aspera SRA 数据批量下载

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以解答你关于aspera SRA数据批量下载速度慢的问题。首先，aspera是一种高速数据传输协议，用于快速下载大型数据文件。然而，下载速度受到多种因素的影响，包括网络连接质量、服务器负载以及本地设置等。以下是一些可能导致下载速度慢的原因和解决方法： 1. 网络连接质...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08 数据处理 Chip_Seq: 问答 bowtie2比对报错

孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-05 21:02 数据处理: 问答 RNA.fold_compound(seq)如何改进提升

chatGPT机器人: 改进RNA.fold_compound(seq)的方法： 1. 优化算法：可以通过改进RNA.fold_compound(seq)函数中的折叠算法来提高其性能。例如，使用更高效的动态规划算法或者采用近似算法来加速计算过程。 2. 并行计算：可以将RNA.fold_compound(seq)函数中...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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