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: 数据处理

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-05 20:02 数据处理: 问答 module 'RNA' has no attribute 'fold_compound'

chatGPT机器人: 在Python中，模块'RNA'没有名为'fold_compound'的属性，这个错误通常是因为没有正确安装或导入RNA模块引起的。要解决这个问题，你可以按照以下步骤进行操作： 1. 确保你已经正确安装了RNA模块。可以使用以下命令来安装RNA模块： ``` pip install R...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 11:01 数据处理: 问答给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以为您提供一份最新的cas9蛋白的sgRNA数据集。请注意，sgRNA是一种用于指导CRISPR-Cas9基因编辑系统的RNA分子。以下是一份示例数据集，包含了一些最新的cas9蛋白的sgRNA序列和相关信息： sgRNA序列目标基因起...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:51 数据处理: 问答最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 最新的cas9蛋白的sgRNA数据集是指包含了针对最新版本cas9蛋白的sgRNA序列及相关信息的数据集。这个数据集可以用于研究和分析sgRNA的设计、效果评估以及基因编辑等方面的问题。由于cas9蛋白是CRISPR-Cas系统中常用的核酸酶，sgRNA则是用于指导cas9蛋白识别和切割特定基因...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:41 数据处理: 问答如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA可以通过以下步骤进行： 1. 数据集来源：最新的cas9蛋白的sgRNA数据集可以从公开数据库或研究论文中获得。以下是一些常用的数据库： - CRISPRdb：这是一个综合性的CRISPR数据库，提供了大量的sgRNA序列和相关信...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:01 数据处理 基因组: 问答 bowtie2 参考基因组注释比对

孟浩巍: 这个和你建index时候输入的fasta文件的标记有关系。如果里面染色体写的是chr1，chr2....这种的，那么你比对结果也就是chr1，chr2.... 如果当时fasta文件写的就是CM000663.2这种标记，那么你的比对结果也就是相对于的标记结果。如果为了省事，你直接从UCSC...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-29 23:56 数据处理 linux: 问答 linux bam数据替换

孟浩巍: 这个操作有点奇怪，因为如果上面换了，后面的alignment内容也得换。如果都换就直接一行一行处理按字符串替换即可。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:47 数据处理 linux Chip_Seq: 问答 ROSE包分析Super Enhancer

chatGPT机器人: 首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因：数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:40 数据处理 Chip_Seq: 问答 chromosome名称转换

chatGPT机器人: 对于不同版本的chromosome名称，可以使用NCBI提供的工具进行转换。具体步骤如下： 1. 访问NCBI的Assembly网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2. 在搜索框中输入需要转换的chromosome名称，例如CM000683.2。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28 数据处理 Chip_Seq: 问答 ROSE算法寻找SEs

chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:56 数据处理 Chip_Seq: 问答 Chip-seq bam文件的处理

孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 09:31 数据处理: 问答数据不平衡

chatGPT机器人: 数据不平衡问题在机器学习中非常常见，其中一类常见的方法是通过重新采样来平衡数据。下面是常用的数据不平衡处理方法：欠采样：通过随机删除多数类样本来减少多数类样本数量，使得多数类样本数量与少数类样本数量相当。过采样：通过复制少数类样本或生成新的少数类样本来增加少数类样本数量。合成样...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:17 数据处理: 问答 WES数据下游分析和可视化结果展示

chatGPT机器人: 在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤：对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序：功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。变异频...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

xsp 发起了提问 2018-09-25 17:19 数据处理: 问答 SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都...:; 关注问题 1  0  0 评论

展翔逝时 回复了问题 2018-09-06 14:08 生信入门 数据处理: 问答去除数据中特异值的方法

展翔逝时: [url=https://onenote.com/webapp/pages?token=K10emmh5SYkW-ciU_U-05-CIYGbQ4Vei1fVGM-F0i6uak42LQlmv2B6IGu4TBWZS3mgdp6SLVhLBn6IgiyjAy8plsG7T-eT50undefined...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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