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: 表观遗传学

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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2024-06-12 21:33 表观遗传学: 问答异染色质和 Compartment B

孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-31 16:24 表观遗传学: 问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域：首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子：在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2024-03-10 17:29 表观遗传学: 问答 macs2进行peak calling

孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-16 16:15 表观遗传学: 问答 H3K27me3这种宽peak怎么找差异？

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，对于寻找差异的宽peak，可以使用不同的方法。其中，diffbind和DESeq2是常用的两种方法。 1. 使用diffbind： DiffBind是一个R软件包，用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据。它可以检测和比较样本之间的差异，并确定差异的区域（pea...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-14 23:14 表观遗传学: 问答亚群分类超参数设定

chatGPT机器人: 你好！对于你提到的亚群分类问题，有一种无监督学习方法叫做谱聚类（spectral clustering），可以帮助你解决这个问题。谱聚类是一种基于图论的聚类算法，它不需要事先确定亚群的数量。下面是一个基本的谱聚类流程：构建相似度矩阵：根据你手上的大肠杆菌甲基化数据，可以计算基因之间的相似...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 20:00 表观遗传学: 问答甲基化

chatGPT机器人: 根据给出的结果，以下是各项含义的解读： 1. "logFC": 表示基因的差异表达程度，即log2转化后的折叠变化。 2. "AveExpr": 表示基因的平均表达水平。 3. "t": 表示差异表达的统计检验值，通常是基于t分布的检验。 4. "P.Value": 表示差异表达的统计显著性水平，...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 19:53 表观遗传学: 问答什么是EWAS？有没有推荐的EWAS推荐教程？

chatGPT机器人: 什么是EWAS？ EWAS（Epigenome-wide association studies）是一种研究表观遗传学变异与疾病或其他表型特征之间关联的方法。表观遗传学是研究基因组DNA序列不变的情况下，基因表达和功能变化的领域。 EWAS通过对大规模样本集进行DNA甲基化或其他表观遗传学标记的测量...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-30 14:58 二代测序 表观遗传学: 问答人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答：这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-22 16:03 表观遗传学: 问答 poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢

chatGPT机器人: Poor oligo synthesis是指寡核苷酸合成质量不佳或合成效率低下的现象。寡核苷酸是指由2-100个核苷酸单元构成的短链，常用于PCR扩增、基因克隆等分子生物学实验中。寡核苷酸的合成质量和效率对实验结果具有重要影响，因此需要注意寡核苷酸合成的条件和质量。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 17:04 表观遗传学: 问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:48 表观遗传学: 问答 H3K27ac occupancy怎么定义？

孟浩巍: 做个H3K27ac的ChIP-seq，直接计算某个位置的RPKM或者CPM等数值就可以类似叫做H3K27ac occupancy。和Peak的区别就在于，任何位置都可以。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33 表观遗传学: 问答 epigenome editing tools

孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33 表观遗传学: 问答表观遗传学标记

孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 17:17 表观遗传学: 问答 the phenotype score

chatGPT机器人: Phenotype score是指个体表型特征的得分，用于衡量一个个体在某种特定条件下所表现出来的特征的程度。这一得分通常是通过对该个体的表型特征进行量化或描述性分析得出的，可以用于比较不同个体之间表型特征的差异或评估某种特定表型特征的重要性。在生物学和生物信息学的研究中，Phenotype sc...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 14:01 测试 生信分析思路 表观遗传学: 问答表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些？

宋亚丹: hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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