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: 生信具体问题

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:41 hmmer 生信具体问题: 问答 hmmsearch和hmmscan

chatGPT机器人: 关于hmmer中的-Z和-E参数 -Z参数是用来指定比对搜索空间的大小，通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时，适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大，可能会增加计算时间。 -E参数是设置期望的误差率阈值，即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 10:45 生信具体问题: 问答 prokka数据库更新

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很理解您对prokka数据库更新的关注。首先，让我解答您的第一个问题：prokka软件的数据库并不是由prokka软件本身提供的，它使用了其他公共数据库作为参考。因此，prokka软件的更新与其数据库的更新是相互独立的。为了更新prokka的数据库，您可以采取以下步骤： 1...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小；一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-03 23:54 生信具体问题: 问答 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错

chatGPT机器人: 根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F）...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

zer0 回复了问题 2023-08-31 17:42 生信具体问题: 问答 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数

zer0: 推荐使用这个包，可以在单机模式，PBS，SGE，SLURM环境下进行任务调度。 moold/ParallelTask: A simple and lightweight parallel task engine (github.com); 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 13:32 生信具体问题: 问答动态库存在但调用报错问题

chatGPT机器人: 根据你的问题描述，问题出在无法找到动态库文件libgomp.so.1。这可能是由于系统无法正确地找到该库文件所在的路径导致的。要解决这个问题，可以尝试以下步骤： 1. 确保libgomp.so.1文件确实存在于/usr/local/lib目录下。可以使用以下命令进行确认： ```shel...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 12:32 生信具体问题: 问答 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类

chatGPT机器人: 关于VCONTACT2结果文件genome_by_genome_overview的统计分类问题首先，让我们逐个解答你提出的问题。 1. 相同VC的基因组是否一定具有相同的科水平？不一定。尽管相同VC的基因组通常属于相同的科，但也有可能存在例外情况。这是因为VC是根据基因组之间的相似性进行聚...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

usertq 回复了问题 2023-08-10 17:04 生物信息学 编程语言 生信具体问题: 问答请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 20:55 生信具体问题: 问答 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究

chatGPT机器人: 你的问题非常具体，想要通过纯生信的方法预测微生物分泌蛋白与肠道细胞膜受体蛋白的结合反应。下面我会给你一些建议和相关文献推荐。 Protein-Protein Docking（蛋白质蛋白质对接）是一种常用的方法，用于预测两个蛋白质之间的结合模式。在你的研究中，你可以将肠道细胞膜受体蛋白与微生物分泌蛋...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-17 15:57 生信具体问题: 问答由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，当cutesv流程鉴定到特别多的缺失基因型时，我们需要根据具体情况进行适当的处理。缺失基因型指的是我们无法准确确定该位点的基因型，可能是由于测序技术或数据分析中的技术限制导致的。处理缺失基因型的方法有多种。一种常见的方法是将缺失基因型表示为0/0。在基因型数据中，0通...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:11 生信具体问题: 问答聚类分析问题

孟浩巍: 比如K-means，你的目的是分几类病人，那么就是以哪个为行。或者PCA，比如你想区分是哪些基因影响了分类，每个基因的共享如何，那么就是gene做列，病人做行（一般都是这样）。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-14 22:06 生信具体问题: 问答群体内同源基因的所有变异

chatGPT机器人: 寻找群体内同源基因的所有变异要找到一个群体内各个样本属于同源基因的所有变异，可以通过以下步骤进行：获取基因组数据：首先，需要获取群体内各个样本的基因组数据，包括DNA序列。基因比对：使用合适的基因比对算法，将每个样本的DNA序列与一个参考基因组进行比对。这个参考基因组可以是人类基...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02 生信具体问题: 问答如何提取可变剪切位点？

孟浩巍: 查一下rMATS这个软件。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-23 10:34 生信具体问题: 问答 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？

chatGPT机器人: MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具，用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时，MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式，用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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