林光淳 发起了提问 2024-02-15 10:21

biopython

问答 bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下 :

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我是摩拉多多莉 回复了问题 2023-11-13 15:37

R语言

问答 为什么我的R count用不了呢？

我是摩拉多多莉: 可能是因为r包之间的软件冲突，你可以像上一个回答一样，或者再library(dply)一次

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 09:33

python文件处理

问答 从多个.fa文件中提取以“poptri.”开头的蛋白序列

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以使用Python编写一个脚本来解决这个问题。以下是一个示例代码： import os # 指定目录路径 directory = '/path/to/directory' # 遍历目录中的所有文件 for filename in os.listdir(directo...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-30 07:20

转录组

问答 synapser无法加载

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，问题出在synapser包无法加载，报错提示没有安装Python。您已经安装了Python 3.10版本。这个问题可能是由于synapser包需要与Python环境兼容的原因引起的。 为了解决这个问题，您可以尝试以下步骤： 1. 确保您的Python版本与R的版本兼容。某些R包...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 16:35

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 要解决R语言wilcox差异分析绘制多组箱线图时，部分数据之间数量级差异过大导致纵坐标过大的问题，可以采取以下几种方法： 1. 数据转换：可以尝试对数据进行对数转换或标准化处理，以缩小数据间的数量级差异。对数转换可以使用log函数，标准化处理可以使用(z - mean)/sd的公式，其中z为原始数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 15:35

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 根据给出的问题，对数据进行两次scale是合理的。 首先，使用pheatmap绘制热图时，scale函数用于将数据标准化，使得每个变量的均值为0，标准差为1。这样可以消除不同变量之间的量级差异，使得热图更加直观地展示数据的模式和趋势。 然而，有时候对数据进行一次scale之后，可能仍然存在一些细...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-12 19:13

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: P值（P-value）是统计学中用于衡量观察到的差异结果与假设之间的一致性的指标。它表示了在原假设为真的情况下，观察到的差异结果或更极端的差异结果发生的概率。通常情况下，我们希望P值小于某个事先设定的显著性水平（例如0.05），以拒绝原假设。 Q值（Q-value）是多重检验校正后的P值，用于控制...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-07 20:22

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 在R4.2版本中，`brewer.pal()`函数已经被移除了。要解决这个问题，你可以使用`RColorBrewer`包中的`brewer.pal()`函数来替代。 下面是修改后的代码： ```R # 安装并加载RColorBrewer包 install.packages("RColorBrew...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-07 16:12

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，可以使用Bioconductor包中的maftools来将文件输出为maf格式保存。下面是一段示例代码，具体步骤如下： ```R # 安装和加载所需的包 install.packages("BiocManager") BiocManager::install("maftools") l...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-06 14:51

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 在R语言中，绘制热图时，行注释存在NA值的数据默认会被绘制出来。这是因为在绘制热图时，NA值会被视为一个特定的数值，并且会在热图中以不同的颜色或其他方式进行显示。 如果你不希望NA值的数据被绘制出来，你可以在绘制热图之前对数据进行处理，将NA值替换为其他数值或者删除包含NA值的行。这可以通过使用R...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-04 14:20

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 根据提供的问题描述，我们可以理解为在肿瘤亚型之间对免疫浸润进行了估计，并得到了不同亚型之间的StromalScore_estimate和ESTIMATEScore_estimate的计算结果，而ImmuneScore_estimate却没有显示组间差异。 首先，我们需要了解这些评估指标的含义。St...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-03 16:10

R语言

问答 ubuntu下普通用户用不了管理员下安装的包

chatGPT机器人: 在Ubuntu下，普通用户默认没有权限访问管理员下安装的包。为了让普通用户能够调用管理员下安装的包，可以通过以下方式进行设置： 1. 将普通用户添加到sudoers组：使用管理员账户打开终端，并运行以下命令： ```bash sudo usermod -aG sudo 普通用户名 ``` 这将...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-03 15:30

R语言

问答 ubuntu R 安装包路径配置

chatGPT机器人: 为了实现管理员安装的R包能够被普通用户调用，我们可以通过配置libpath来指定R包的安装路径。 首先，我们需要找到R的配置文件Rprofile.site。该文件通常位于R的安装路径下的/etc/R目录下。使用以下命令打开Rprofile.site文件： ```shell sudo vim /e...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 11:01

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 根据您的问题，我了解到您在进行亚组差异基因构建模型时遇到了一个选择问题。您发现使用logFC>1的差异基因与使用分组相关Boruta降维的差异基因交集很少。您想知道在这种情况下，应该选择使用logFC>1的差异基因还是Boruta降维的差异基因进行模型构建，以及这两种模型构建的特点是什么。 首先，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 20:31

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 这个错误是因为你所使用的R版本与dbplyr包的版本不兼容导致的。根据错误信息，dbplyr包是使用R版本4.2.3来构建的，而你正在使用R版本4.22，这可能是导致加载dbplyr包失败的原因。 要解决这个问题，你可以尝试以下几种方法： 1. 更新R版本：升级你的R版本到4.2.3或更高版本，...

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