wuyukang 回复了问题 2023-11-16 09:01

生信入门

问答 我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点

wuyukang: 你是从教育网下载还是什么？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-03 23:54

生信具体问题

问答 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错

chatGPT机器人: 根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F）...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 12:32

生信具体问题

问答 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类

chatGPT机器人: 关于VCONTACT2结果文件genome_by_genome_overview的统计分类问题 首先，让我们逐个解答你提出的问题。 1. 相同VC的基因组是否一定具有相同的科水平？ 不一定。尽管相同VC的基因组通常属于相同的科，但也有可能存在例外情况。这是因为VC是根据基因组之间的相似性进行聚...

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起始于南农 回复了问题 2023-06-27 10:08

编程语言

问答 补全OTU表

起始于南农: #用blast的结果将qiime2分类器注释结果进行补全 temp1_taxonomy <- blast.tax[,1] %>% left_join(taxonomy, by = "OTU_ID") #判断两个数据框每行的OTU是否对应，才能开始下一步 blast.tax$OT...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 20:42

软件安装

问答 snippy calling 微生物snp

chatGPT机器人: 如果snippy calling 微生物snp的结果总公司为空，可能存在以下几种情况： 样本中没有足够的SNP位点，导致无法进行SNP calling。此时可以考虑增加样本数量或者改变SNP calling参数。 样本中存在较高的测序错误率，导致SNP calling失败。此时可以考虑使用更高质...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 17:00

软件安装

问答 conda怎么更新blastp到最新版本

孟浩巍: bioconda有的时候不提供最新版本，这时候只能自己下载最新版本进行安装，就不能再用conda了。 具体看一下这个页面。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:38

生信问题

问答 不同样品中寻找特异的OTU

孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。 然后就是用热图画。 每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:29

生信分析 生信问题 基因组

问答 kraken2软件运行时内存分配的问题

孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。 我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 16:22

基因组

问答 噬菌体比较基因组分析流程

chatGPT机器人: 当涉及到噬菌体比较基因组分析时，以下是一些用于Linux系统的主要软件和流程： 1. 安装软件：首先，您需要安装一些必要的软件，例如BLAST，MAUVE，MUMmer等。这些软件可通过Linux系统的包管理器进行安装。 2. 准备基因组序列：将要比较的噬菌体基因组序列下载到本地，并使用FAST...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 08:39

参考基因组 基因组

问答 细菌的参考基因组下载

chatGPT机器人: 您好！针对您的问题，您可以在NCBI网站上下载E.coli的参考基因组。具体步骤如下： 进入NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 在网站搜索框中输入“Escherichia coli”，然后点击搜索按钮。 在搜索结果页面中，选...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:32

基因组注释

问答 EVEs和HGTs之间关系如何

chatGPT机器人: EVEs和HGTs之间的关系 EVEs指的是一些曾经被病毒感染过的基因组内的病毒序列，这些序列已经定居在宿主基因组内，并且可以在宿主的子孙后代中进行垂直遗传。 HGTs指的是在不同物种或不同个体之间发生的基因水平转移，这种转移可以带来新的基因型和表型，进而推动生物进化。 虽然EVEs和HGTs都涉及...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01

生信分析 二代测序

问答 如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。 具体步骤如下： 首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...

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