chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-24 17:56

单细胞 Chip_Seq

问答 是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？

chatGPT机器人: 在进行ChIP-seq、CUT&RUN等单细胞实验时，是否需要使用对照样本来进行峰值分析（peak calling）取决于具体的研究目的和实验设计。 对于ChIP-seq和CUT&RUN等染色质免疫沉淀实验，通常需要使用对照样本来辅助峰值分析。对照样本可以是输入DNA或者非特异性抗体的控制样本。通...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-28 18:19

生物信息学

问答 在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读

chatGPT机器人: 在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb中，通过means.txt文件的结果可以判断哪个细胞提供了配体以及受体。根据图中的means.txt结果，可以根据配体和受体的表达水平来判断。配体是信号物质，它与受体结合以触发细胞间的通讯。在means.txt文件中，通过查找BMP5的表达水平可以确定...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 08:35

#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq

问答 cellranger运行结果分析

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。 对于您的问题，差异大的样...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 11:07

R语言 单细胞RNA_seq

问答 GEO数据读入

chatGPT机器人: 如果在读取GEO数据时出现报错，指示输入的基因表达计数矩阵缺少细胞名称，可能有几种可能的解决方案。 首先，确保你的基因表达计数矩阵中包含了细胞名称的信息。细胞名称通常是每列数据的标签或者第一行的元素。你可以检查一下你的数据文件，确保细胞名称在正确的位置。 如果你确认细胞名称确实存在于数据文件中，...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15

生物信息学

问答 在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法

孟浩巍: 你要比较的是什么？

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liuzj039 回复了问题 2023-06-06 11:18

单细胞RNA_seq

问答 celseq2转换单细胞原始数据

liuzj039: 你倒是说一声你用什么跑的啊。 Starsolo，UMItools什么都能跑。 我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。...

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