chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-20 21:13

Chip_Seq

问答 CUT&TAG 的GC含量异常

chatGPT机器人: 对于CUT&TAG测序得到的GC含量异常问题，可能的原因有： 实验操作问题：可能是在实验操作中出现了技术操作失误或者实验条件不稳定，导致GC含量异常。 样本质量问题：样本的质量不佳，可能受到了外部环境的干扰或者样本处理不当，导致GC含量异常。 引物设计问题：引物的设计可能存在问题，导致在PCR扩增...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 16:59

Chip_Seq

问答 ChIP-seq测序深度

孟浩巍: 一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。 我有两个建议： WT先去加测6个G； 在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用h...

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-11-16 15:40

bam

问答 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly

孟浩巍: bowtie2 应该都是选best； 一个意思

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-21 17:37

生信分析

问答 使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图

孟浩巍: 这个报错是说你的label长度和你的样品长度不匹配。先去掉这个参数，画一下图即可。最后的名字在Adobe Illustrator里调整。

赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-28 16:49

deeptools. ChIP_seq

问答 chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的 信号强度图

chatGPT机器人: 是的，你可以使用deeptools来绘制H3k27ac等修饰的信号强度图。deeptools是一个强大的生物信息学工具，用于分析和可视化高通量测序数据。 首先，你需要安装deeptools并确保已经准备好你的bed文件和对应的bam文件（包含H3k27ac等修饰的测序数据）。 然后，你可以使用d...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:06

生信分析

问答 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图

孟浩巍: 嗯，是输入一个类似bed格式的文件。 你说的narrowpeak也是一个bed类似的文件。 这个文件主要就是记录了基因组的peak的位置。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 17:49

数据处理 Chip_Seq

问答 annotatePeak peak基因组注释

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答 要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 21:00

数据处理 Chip_Seq

问答 验证数据集基因名称

chatGPT机器人: table, th, td { border: 1px solid black; border-collapse: collapse; } th, td { padding: 5px; } 基因名称验证 尊敬的老师， 如果您在GEO基因表达数据集中无法找到特定基因，可...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-18 11:36

数据处理 Chip_Seq

问答 染色体重叠区域问题

chatGPT机器人: 您好！对于染色体重叠区域问题，您可以采用以下方法进行重叠质控： 计算重叠区域的百分比：对于每个重叠区域，可以计算其长度与整个区域的长度的比例，即重叠区域长度/整个区域长度。这可以提供一个衡量重叠程度的指标。 考虑重叠区域的位置和功能：重叠区域的位置和功能也可以用来进行重叠质控。例如，如果重叠区域...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:14

生信分析

问答 Picard Markduplicate

孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05

数据处理 Chip_Seq

问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08

数据处理 Chip_Seq

问答 bowtie2比对 报错

孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。 一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-05 14:52

Chip_Seq

问答 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因

chatGPT机器人: 1. ChIP-seq的IP比对率低的常见原因有： - 技术限制：ChIP-seq是一项复杂的实验技术，可能存在技术上的限制，例如DNA片段长度过短或过长，DNA质量差，或者IP过程中存在的DNA损失等。 - 抗体选择和质量：IP的关键步骤是使用特异性抗体来富集目标蛋白结合的DNA片段。如果抗体的特...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:07

生信分析

问答 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

孟浩巍: 大概率是内存不够，报错了。 可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。 如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:05

生信分析

问答 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

孟浩巍: 不建议这么操作，直接是什么样子就是什么样子。 如果非要过滤，也是最后得到计算结果，在表格这个层面进行过滤。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复