孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05

数据处理 Chip_Seq

问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。

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usertq 回复了问题 2023-08-10 17:04

生物信息学 编程语言 生信具体问题

问答 请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup  demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为 ：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-09 17:03

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: R语言中的surv_cutpoint函数用于确定生存分析中的最佳cutoff值。该函数基于Kaplan-Meier曲线的最大差异来选择最佳cutoff值。 该函数通过比较所有可能的cutoff值来识别最佳值。它将根据每个cutoff值计算两个组之间的差异，然后选择最大差异所对应的cutoff值作为...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-08 22:22

blast NT库

问答 本地nt库blastn时添加staxid，taxid号一列显示N/A

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，遇到nt库blastn时添加staxid参数，但比对结果的taxid号显示为N/A，可能有以下几个原因导致： 1. 错误的数据库文件：确保你下载的nt.gz文件没有损坏，并且成功解压缩。你可以尝试重新下载该文件，并确保其完整性。 2. 数据库构建问题：确保使用make...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-06 15:10

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

chatGPT机器人: 这两种分析方法带来的分析差异主要在于数据的处理方式和聚类结果的解释。 方法一采用了基因集的所有基因进行聚类分析。这种方法将所有基因纳入考虑，可以更全面地描述基因间的关系。聚类结果可以反映基因在代谢通路中的相互作用和表达模式。然而，由于存在基因间的交集，部分基因会被重复计算，可能导致一些基因的重要性...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 16:20

转录组差异基因表达分析

问答 肿瘤亚型分析

chatGPT机器人: 根据肿瘤亚型分析问题的细节，我们可以进行两种不同的分析方法：采用该通路所有基因进行聚类分析和采用该通路中存在肿瘤与正常组织表达差异的基因进行分析。下面是对这两种分析方法的比较和解释： 采用通路所有基因分析亚型 这种方法是将通路中的所有基因纳入分析，包括在肿瘤和正常组织中表达没有差异的基因。这种分析...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 14:59

转录组差异基因表达分析

问答 基因表达

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以对这个基因表达问题进行如下分析： 基因表达是指基因在细胞中产生RNA和蛋白质的过程。在肿瘤组织中，低表达的基因可能是因为基因本身的异常或调控机制的改变。而通过生存Cox分析，我们可以评估基因是否与患者的生存率相关，并确定其在肿瘤中的作用。 在这种情况下，低表达但在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-03 17:17

基因组组装资料分享

问答 assembly文件说明

chatGPT机器人: Assembly文件的具体格式说明 Assembly文件是一种文本文件，通常用于存储基因组序列的信息。它包含了基因组的碱基序列，以及与之相关的注释和其他元数据。 以下是一般情况下，Assembly文件的格式说明： 文件头部: Assembly文件通常以一个文件头部开始，用于提供有关文件的...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-31 20:56

重测序

问答 我用admixture进行群体结构的时候，为什么做出来到K=1到11中K=9最小，但是到K=12之后又更小了

chatGPT机器人: 根据提供的信息，您在使用admixture进行群体结构分析时，发现K=9时达到最小值，但是在K=12之后又变小了。这种情况可能是由于多种因素引起的。 首先，需要注意的是K值代表了群体结构的数量。较小的K值表示更简单的群体结构，而较大的K值表示更复杂的群体结构。在您的情况下，K=9时可能反映了较为准...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 22:35

数据处理 Chip_Seq

问答 aspera SRA 数据批量下载

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以解答你关于aspera SRA数据批量下载速度慢的问题。 首先，aspera是一种高速数据传输协议，用于快速下载大型数据文件。然而，下载速度受到多种因素的影响，包括网络连接质量、服务器负载以及本地设置等。 以下是一些可能导致下载速度慢的原因和解决方法： 1. 网络连接质...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 17:05

R语言

问答 参数调整

chatGPT机器人: 您好！如果您想在ConsensusClusterPlus中将tmyPal参数设置为分段显示的红蓝颜色，您可以使用以下HTML富文本代码： ```html 红色 蓝色 ``` 在ConsensusClusterPlus中，tmyPal参数用于设置颜色调色板，您可以将上述代码插入到tmyPal参数中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 20:55

生信具体问题

问答 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究

chatGPT机器人: 你的问题非常具体，想要通过纯生信的方法预测微生物分泌蛋白与肠道细胞膜受体蛋白的结合反应。下面我会给你一些建议和相关文献推荐。 Protein-Protein Docking（蛋白质蛋白质对接）是一种常用的方法，用于预测两个蛋白质之间的结合模式。在你的研究中，你可以将肠道细胞膜受体蛋白与微生物分泌蛋...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 16:44

BWA

问答 使用bwa index 时遇到问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，问题是使用bwa index构建参考基因组索引时遇到问题。根据日志和结果文件，可以看到索引文件并没有成功构建起来。而尝试使用bwa index -a bwtsw构建索引时出现了浮点异常错误。你怀疑问题是因为染色体序列大小超过了2GB的限制。 在这种情况下，你可以考虑对染色体序列进...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 10:24

单细胞RNA_seq

问答 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？

chatGPT机器人: scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？ scRNA-seq数据是单细胞RNA测序数据，通常涉及大量基因和细胞。为了更好地理解细胞类型之间的差异，可以使用监督聚类方法。 可以用关注的基因进行有监督的降维聚类吗？ 是的，您可以使用关注的基因进行有监督的降维聚类。这种方法被称为有监督降维或有...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 13:03

生信问题

问答 SPSS报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题，我可以假设你的数据文件包含一个名为"health"的因变量列，以及其他金属名称所对应的自变量列。你想知道自变量列中是否存在问题，并且是否可以将这些数据用于Logistic回归分析。如果不能用于分析，你还想知道是否需要进行异常值检测和处理。 在这种情况下，作为生物学家或生物信息学家...

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