运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

该问题已被锁定！

2: 关注

1463: 浏览

运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

GATK

cpu是支持AVX指令集的，以前运行的时候也可以正常使用。有了这个警告信息之后效率下降了一倍。有没有人知道是怎么回事 WARN PairHMM - ***WARNING: Machine does not have the AVX instruction set support needed for the accelerated AVX PairHmm. Falling back to the MUCH slower LOGLESS_CACHING implementation!

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

pagu 初级会员用户来自于: 北京市
2018-10-08 15:20

平常使用gatk的时候没碰过这个命令，以为影响不大来着。运行报错的时候使用的gatk是哪个版本的？近期gatk更新的非常频繁，4.0往后已经有好多个小版本了，变化比较大，如果不是最新版的话可以先换成最新的版本试一下看能不能解决

赞同 0 2评论

关于作者

: 俄二十 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-05 14:52

更新时间: 2018-10-08 15:20

关注人数: 2 人关注

运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

0 评论

2 评论

关于作者

问题动态

相关问题

推荐内容