如何在差异表达前消除批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1473: 浏览

如何在差异表达前消除批次效应

大家好，我目前手头有一count数据，但数据存在一个批次效应，预先消除批次效应再通过edgeR做差异表达。想法是这样， raw counts --> remove batch effect --> new counts --> edgeR 但是用removebatcheffect()函数消除批次效应后，count就不是count了，也就不是整数了，不符合导入edgeR的要求。求解谢谢。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

i_thinking 注册会员用户来自于: 美国
2018-08-24 11:12

可以试试deseq2

赞同 0 2评论

关于作者

: Sugus 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 11:04

更新时间: 2018-08-24 11:12

关注人数: 2 人关注

相关问题

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 1782 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff: 1028 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1353 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 2269 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 1901 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

对突变组和对照组的某基因表达量做T检验: 1292 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在西宁附近旅游三天: 1214 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 1830 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 2158 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

【求助】如何确定时期特定表达基因: 1235 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？: 769 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025