如何在差异表达前消除批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1227: 浏览

如何在差异表达前消除批次效应

大家好，我目前手头有一count数据，但数据存在一个批次效应，预先消除批次效应再通过edgeR做差异表达。想法是这样， raw counts --> remove batch effect --> new counts --> edgeR 但是用removebatcheffect()函数消除批次效应后，count就不是count了，也就不是整数了，不符合导入edgeR的要求。求解谢谢。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

i_thinking 注册会员用户来自于: 美国
2018-08-24 11:12

可以试试deseq2

赞同 0 2评论

关于作者

: Sugus 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 11:04

更新时间: 2018-08-24 11:12

关注人数: 2 人关注

相关问题

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1337 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何确定时期特定表达基因: 1008 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1085 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？: 1562 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学): 1188 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq差异分析: 1387 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因表达: 1164 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 743 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1120 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 1266 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？: 661 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025