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juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种?

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-08-05 11:38
要更改juicer_tools.jar hiccups的物种,您需要修改juicer_hiccups.sh脚本中的参数。具体来说,您需要更改以下几个参数: 1. genomeID:默认情况下,juicer_tools.jar hiccups使用hg19作为基因组标识。要更改为酵母sacCer3,您需要将genomeID参数更改为sacCer3。 2. HiC文件:您需要将HiC文件参数更改为酵母sacCer3的HiC文件路径。 3. 输出目录:您需要将输出目录参数更改为您想要保存结果的目录路径。 下面是修改后的juicer_hiccups.sh脚本示例: ```bash #!/bin/bash # 修改genomeID为sacCer3 genomeID="sacCer3" # 修改HiC文件路径为酵母sacCer3的HiC文件路径 hicFile="/path/to/sacCer3_hic_file.hic" # 修改输出目录路径为您想要保存结果的目录路径 outputDir="/path/to/output_directory" # 运行juicer_tools.jar hiccups java -jar juicer_tools.jar hiccups -m matrixSize -c chromosome(s) -r resolution(s) ${hicFile} ${outputDir} ``` 请注意,您还需要安装juicer_tools.jar和酵母sacCer3的HiC文件才能成功运行此脚本。

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发布时间
2023-08-05 11:35
更新时间
2023-08-15 17:10
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