tsRNA测序思路求助 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2022: 浏览

tsRNA测序思路求助

生信入门

tsRNA-seq做比对过程中

分析的思路参考的本篇文献：tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers

https://academic.oup.com/nar/article/44/W1/W185/2499378?login=true

文章part2的分析思路为：

1.比对人全基因组，删去未比对上的序列。

2.接着比对mRNAs snoRNAs miRNAs，然后去掉这些比对上的序列。

3.最后比对tRNA gene，得到目标序列。

提问：为什么要做前两步？直接用cleandata和tRNA的参考基因组比对为什么不行？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-14 22:08

这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。

简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping

同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。

这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。

赞同 0 0评论

关于作者

: wearru 注册会员
zju MPH在读

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-12 15:55

更新时间: 2023-06-14 22:08

关注人数: 2 人关注

相关问题

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2177 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

三代测序使用进行gmap比对: 1791 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

[求助]WGCNA具体参数: 1017 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1979 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗: 1948 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1852 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

[求助]WGCNA: 1273 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

T to T测序中ONT测序起到的作用: 2468 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 1402 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 1638 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1812 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2118 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 1526 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】如何确定一种基因ID的类型: 2668 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 2209 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1023 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 XP-CLRp: 2010 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 xp-ehh取top值: 1801 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【求助】如何确定时期特定表达基因: 1379 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 2242 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025