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多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

单细胞

大概的流程:

基本按照sc-best-practices进行,从preprocessing,一直到normalization
7种方法label transfer进行细胞类型注释, consensus prediction作为结果
subset,去除reference,使用前面过程,比如scvi normalization后的矩阵进行降维(UMAP)和clustering(leiden)
diffmap denoise后,进行paga analysis.

问题:

leiden cluster与consensus prediction所得到的细胞群边界不是很一致.
使用consensus prediction着色fa plot可以看到非常严重的细胞重叠的情况

leiden

consensus prediction和batch

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lconan 初级会员用户来自于: 辽宁省大连市
2023-06-14 21:16

我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适

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关于作者

: lconan 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-14 21:15

更新时间: 2023-06-14 21:16

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