KEGG结果为空？

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用了一篇文章的数据做转录组分析，文章网址（https://www.nature.com/articles/nsmb.2679）

用hg19进行比对，gencode.v43lift37.annotation.gtf.gz进行计数。然后用DESeq2进行分析。挑选了P<0.05，倍数超过1倍的基因进行后续操作。clusterProfiler进行分析，结果得到的KEGG和GO结果是空的，里面一个富集的都没有，想知道为什么？还是说这是正常现象？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-08 22:10

回答：

出现KEGG和GO结果为空的情况，可能有以下几种原因：

基因集合太小：如果选择的差异基因比较少，可能无法在KEGG和GO数据库中找到足够的注释信息。
注释文件不匹配：在进行KEGG和GO分析之前，需要确保注释文件与转录组数据的版本和物种信息匹配。在本例中，使用的是hg19版本的比对，同时使用gencode.v43lift37.annotation.gtf.gz文件进行计数，因此需要使用相应版本的KEGG和GO数据库进行注释。
基因ID不匹配：如果转录组数据中的基因ID与KEGG和GO数据库中的ID不匹配，那么也会导致结果为空。需要确保使用相同的基因ID进行注释。
显著差异基因的生物学意义较弱：在进行KEGG和GO分析时，需要注意显著差异基因的生物学意义。如果大多数显著差异基因没有明显的生物学意义，那么分析结果可能为空。建议进行更深入的生物学分析，或者增加样本量以提高差异基因的可靠性。

综上所述，出现KEGG和GO结果为空的情况并不一定是正常现象。需要仔细检查数据和注释的匹配性，并进行更深入的生物学分析。

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发布时间: 2023-06-08 22:09

更新时间: 2023-06-15 09:44

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