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bivalent domains 如何计算

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-02 17:36

这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域,处于即可能开放又可能抑制的状态。

比如你上面提到的,H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker;

H3K27me3就是repressive的 histone marker;

然后如果这两个同时存在,就可以定义为bivalent domain。

看你上面的截图,就应该是先把基因组分区域,分区域的方法通常是分bin,然后你就可以计算这一个bin区间里的H3K4me3和H3K27me3的信号强度,两个都存在的时候就可以定义。

我看你上面还提到了chromHMM,用这个也可以,就是用chromHMM分出来H3K4me3和H3K27me3同时存在的那个类型就定义为bivalent domain即可。这个和直接分bin自己算coverage类似,没太大差别。

 

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发布时间
2023-06-01 16:17
更新时间
2023-06-02 17:36
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