ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

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ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

这是我目前的ASR流程

1.在refseq搜集相关蛋白质序列，并cd-hit以0.95相似度去冗余剩下大概四五百条
2.mafft进行多序列比对，参数--auto，trimal剪辑对齐比对结果
3.iqtree建系统发育树
4.paml下面codeml ASR分析

关键卡在了第四步linux版本的codeml需要输入codeml.ctl配置文件，aaRatefile=氨基酸替代模型iqtree预测的是LG+F+R6，但是paml自带的.dat氨基酸替换模型没有这个组合，请问我该如何生成.dat文件。下面是我的配置文件比对序列时氨基酸序列，希望各位大佬检查一下有没有上面问题。

seqfile = supergene.phy
treefile = ff.fa.treefile
outfile = mlc
getSE = 0
noisy = 9
verbose = 1
seqtype = 2
runmode = 0
CodonFreq = 2
clock = 0
aaDist = 0
model = 2
aaRatefile =
icode = 0
Mgene = 0
fix_kappa = 0
kappa = 2
fix_omega = 0
omega = .4
fix_alpha = 1
alpha = 0
Malpha = 0
ncatG = 10
RateAncestor = 1
Small_Diff = .5e-6
method = 0

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-31 16:22

您好！针对您提出的问题，我可以提供以下建议：首先，PAML自带的.dat文件只包含少数几种氨基酸替代模型，而且仅限于核苷酸序列的分析。如果您使用的是氨基酸序列，需要自己手动创建一个.dat文件，来指定您所需要的氨基酸替代模型。其次，您可以使用ProTest3软件来预测您所需要的氨基酸替代模型，并生成对应的.dat文件。ProTest3是一个基于Bayesian推断的氨基酸替代模型选择软件，它可以根据您的序列比对结果，推荐最适合的氨基酸替代模型，并生成对应的.dat文件。最后，您可以将ProTest3预测出来的氨基酸替代模型参数，手动写入.codeml.ctl文件中。以LG+F+R6为例，您可以在.codeml.ctl文件中添加以下内容： &aaRatefile = LG+F+R6.dat 其中LG+F+R6.dat是您手动创建的.dat文件，包含了LG+F+R6模型的参数设置。希望以上建议对您有所帮助！

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这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-31 16:19

更新时间: 2023-05-31 20:49

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