hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr等），可结合转录组测序，做表观遗传对基因表达的调控研究。
ace-seq单碱基分辨率的DNA羟甲基化测序，可以在胞嘧啶水平检测其羟甲基化水平。可以比较研究cg, chg, chh的分布差异，正链负链特异性，标志物，结合甲基化、转录组等其他组学联合分析。
