如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

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chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题

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在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

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麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗

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ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

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chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的 信号强度图

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问 samtools view筛选cellranger比对结果

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问 reads数越多，滑窗内GC含量降低

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问 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly

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