WES数据下游分析和可视化结果展示 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1493: 浏览

WES数据下游分析和可视化结果展示

数据处理

对WES测序数据进行处理，已经拿到了近2000个满足筛选条件的variants，接下来如何对这些variants进行排序，并进行可视化的结果展示，以期望选出最合适的variants以及一致的基因，进行下一步的研究？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-05-18 16:17

在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤：

对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序：

功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。
变异频率：对variants在人群中的变异频率进行评估，将其按照变异频率进行排序。
位置：对variants在基因组中的位置进行评估，将其按照位置进行排序。
进行可视化的结果展示：可以采用以下几种方法进行可视化的结果展示：
- 柱状图：将variants按照功能影响、变异频率和位置进行排序后，可以采用柱状图的形式进行展示。
- 热图：可以将variants按照基因进行分类，并采用热图的形式进行展示，颜色深浅表示变异频率。
- 散点图：可以将variants按照位置进行分类，并采用散点图的形式进行展示，横轴表示位置，纵轴表示变异频率。
选出最合适的variants以及一致的基因：可以通过对排序后的variants进行筛选，选择功能影响最大、变异频率最低的variants，同时筛选出在多个样本中都出现的基因，并选出一致的基因进行下一步的研究。

赞同 0 0评论

关于作者

: tinglin 注册会员
90后生信打工仔

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-18 16:13

更新时间: 2023-05-18 22:46

关注人数: 2 人关注

相关问题

Aspera数据下载报错: 1409 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 636 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析: 1089 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1210 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录组和代谢组联合分析的方法有那些？: 1131 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 1125 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 962 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 2315 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 791 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 813 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 chip-seq数据下载有多个SRA: 1099 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ROSE包分析Super Enhancer: 1041 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 910 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SRA 数据批量下载: 1302 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 813 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chromosome名称转换: 794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致: 579 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 linux软件安装: 834 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1210 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ROSE算法寻找SEs: 769 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024