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用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

RNA_seq

我用atac-seq数据的bigwig，用computeMatrix去计算TSS score,得到的图的纵坐标不是从1开始的？按照tss score的公式，这里应该是从1开始的呀，最小值一定是1。如图所示：

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 14:28

首先，TSS enrichment score是用来衡量某个基因的转录起始位点（TSS）在ATAC-seq数据中的富集程度的。计算TSS enrichment score时，通常会将基因的TSS定义为起点，然后计算在一定距离范围内（例如2kb）ATAC-seq信号的富集程度。

对于问题中提到的情况，纵坐标不是从1开始的，这可能是由于computeMatrix计算过程中使用的是默认参数，将所有信号值都转换为正数。因此，得到的图中信号值的最小值可能不是1。

为了确保TSS enrichment score的计算正确，可以通过以下步骤进行：

将bigwig文件中的信号值转换为正数。
将信号值归一化，使其范围在0到1之间。
将信号值按照距离TSS的远近进行排序。
计算在一定距离范围内的信号值的平均值，并将其除以全局平均信号值，得到TSS enrichment score。

通过以上步骤，可以确保得到的TSS enrichment score是正确的，同时也可以保证纵坐标从1开始。

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发布时间: 2023-05-17 14:18

更新时间: 2023-05-17 14:46

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