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SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称,谢谢,虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视,希望大家解答

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Czc 注册会员 用户来自于: 上海市
2018-10-03 14:02
233333,,好像自己在生信技能树上找到了答案 [url]http://www.biotrainee.com/thread-800-1-2.html[/url] [size=14]跟GEO类似.[/size] [size=14]NCBI的SRA(Sequence ReadArchive)数据库是抓们用于存储二代测序的原始数据,包括 454, IonTorrent, Illumina, SOLiD, Helicos and CompleteGenomics. 除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的aligment information.[/size] [size=14]NCBI中SRA数据结构的层次关系:Studies,Experiments, Samples,Runs:[/size] [quote] Studies是就实验目标而言的,一个study 可能包含多个experiment. Experiments包含了样本,DNA source, 测序平台,数据处理等信息。一个experiment可能包含一个或多个runs。 Runs 表示测序仪运行所产生的reads. [/quote] [size=14]SRA数据库用不同的前缀加以区分:[/size]ERP or SRP for Studies, SRS for samples, SRX for Experiments, and SRR for Runs。

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发布时间
2018-10-02 22:49
更新时间
2018-10-03 14:02
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