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RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

现有18组由cufflink得到的transcripts.gtf，数据样本分为WT,OE-1,OE-2三个大类，每一类下面分为处理和未处理，即WT-N，WT-treatment;OE-1-N,OE-1-treatment;OE-2-N,OE-2-treatment共6个家系，再每个家系又分别取3个生物学重复，即WT-N-1，WT-N-2，WT-N-3，WT-treatment-1，WT-treatment-2，WT-treatment-3；;OE-1-N-1，;OE-1-N-2，;OE-1-N-3，OE-1-treatment-1，OE-1-treatment-2，OE-1-treatment-3;OE-2-N-1,OE-2-N-2,OE-2-N-3,OE-2-treatment-1,OE-2-treatment-2,OE-2-treatment-3共18组数据，请问后续我该如何设计去寻找差异基因？

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-30 22:41

思考了一下，具体还是看自己的目的，我核心目的是比较OE后相对WT 的变化，因此需要将处理和未处理的分开；也就是18组数据分成处理和未处理分开来进行分析，也就是变成了9组数据，比如未处理的：WT-N,OE-1-N,OE-2-N，先将OE-1-N与WT比较，得到差异基因，再用OE-2-N与WT比较，得到差异基因，再取两个差异基因列表的交集；此外，处理的同理。

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: 海王坑 前台管理员
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发布时间: 2018-09-30 11:20

更新时间: 2018-10-03 09:28

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