该问题已被锁定!
2
关注
738
浏览

为什么我在做go的时候,用clusterProfiler富集没有结果,但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢?代码如图

查看全部 1 个回答

孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-09-21 14:30
有可能是使用的gene 背景不同,你可以把qvalue的cutoff设置成1,pvalue的cutoff也设置成1,把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。   我的经验是,clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clusterprofile的结果基本一致。

问题动态

发布时间
2018-09-21 12:16
更新时间
2018-09-21 14:30
关注人数
2 人关注

相关问题

为什么用prokka注释完,都是假设蛋白质
是不是单细胞的chip-seq,cut run这些call peak是不需要对照的,我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗?
单细胞多样本熵分析样例代码
为什么单端测序的数据解压会出现多个文件?
网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思?
在N-W算法中,为什么忽略了从x状态道y状态的转化(xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化)
做进化树时,有些分支没有bootstrap值,正常吗?为什么?
在使用cutadapt出现了看不懂的报错,使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面,希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题?
在很多分析表达谱芯片的教程中,使用limma 包寻找差异表达基因,都是先找到差异表达探针,再把探针注释为基因id,为何不先进行注释再计算差异表达呢?这两种方法有什么区别呢?
使用MAS5.0处理过的芯片数据,能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因,为什么不能?

推荐内容

GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的
KEGG结果为空?
R进行GO时出现No gene can be mapped....
请问无参转录组的GO分析如何进行
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024