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为什么我在做go的时候,用clusterProfiler富集没有结果,但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢?代码如图
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为什么我在做go的时候,用clusterProfiler富集没有结果,但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢?代码如图
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-09-21 14:30
有可能是使用的gene 背景不同,你可以把qvalue的cutoff设置成1,pvalue的cutoff也设置成1,把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。 我的经验是,clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clusterprofile的结果基本一致。
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发布时间
2018-09-21 12:16
更新时间
2018-09-21 14:30
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