我建议：
cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因：
1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1；
2. log2foldchange 的绝对值大于1；
3. qvalue < 0.05;
DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件 算显著基因；
1. sample1 read count 或者 sample2 read count至少有1个大于10条；
2. log2foldchange 的绝对值大于1；
3. qvalue < 0.05;
然后把这两个gene list做overlap再做比较。
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