【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1884: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 2390 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3410 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 2970 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用户如何涨积分？: 1821 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 2150 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 2414 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 3034 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 1984 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】在Ubuntu如何上网: 3620 浏览 6 关注 5 回答 0 评论

linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？: 3094 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问【求助】差异表达和特异表达: 2557 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 3499 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 xp-ehh取top值: 2395 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 2757 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 2801 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 2944 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1857 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 2891 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 3202 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025