【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

699: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 1390 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 1700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？: 2968 浏览 13 关注 13 回答 1 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 1189 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 867 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux条件下，如何只删除文件夹: 757 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 851 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 1167 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 521 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 977 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 tsRNA测序思路求助: 1001 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 1354 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 1438 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 1133 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 871 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 702 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 815 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问从bed文件获取注释: 1263 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 968 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 1025 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024