【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2117: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 3354 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 2427 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 2791 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 2559 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 2130 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 2943 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？: 2300 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map: 1450 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 2698 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？: 1963 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问网页database: 2005 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 3106 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 3988 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 3062 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 1393 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究: 3055 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 2488 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xp-ehh取top值: 2709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 2892 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026