【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1717: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？: 2222 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux条件下，如何只删除文件夹: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何批量下载SRA数据库中的数据？: 2708 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用户如何涨积分？: 1688 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何筛选小鼠lncRNA?: 1865 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 2252 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？: 1376 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 1696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 2508 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 2391 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问【求助】差异表达和特异表达: 2342 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 2620 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 3660 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究: 2628 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 2042 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2426 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 2079 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 2711 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 2545 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 2502 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025