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聚类分析问题

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:11

比如K-means,你的目的是分几类病人,那么就是以哪个为行。

或者PCA,比如你想区分是哪些基因影响了分类,每个基因的共享如何,那么就是gene做列,病人做行(一般都是这样)。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-07-14 15:56
根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型,应该将行作为样本、列作为基因进行分析。 在共识聚类中,我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组,因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类(Non-negative Matrix Factorization)是一种基于矩阵分解的聚类方法,它将数据矩阵分解为两个非负矩阵,其中一个矩阵代表样本的特征,另一个矩阵代表基因的贡献。因此,将行作为样本、列作为基因可以更好地应用NMF聚类方法。 K-means聚类是一种基于样本之间距离的聚类方法,通过计算样本之间的距离来将它们分组。将行作为样本、列作为基因可以更方便地计算样本之间的距离,并进行K-means聚类分析。 因此,为了分析患者表达亚型,应该将行作为样本、列作为基因进行共识聚类、NMF聚类和K-means聚类分析。

问题动态

发布时间
2023-07-14 15:54
更新时间
2023-07-15 18:11
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