聚类分析问题

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使用共识聚类、NMF聚类以及K-means聚类分析时，以分析患者表达亚型为目的，应该将行作为样本列作为基因还是将行作为基因列作为样本？

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-07-15 18:11

比如K-means，你的目的是分几类病人，那么就是以哪个为行。

或者PCA，比如你想区分是哪些基因影响了分类，每个基因的共享如何，那么就是gene做列，病人做行（一般都是这样）。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-14 15:56

根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行分析。在共识聚类中，我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组，因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类（Non-negative Matrix Factorization）是一种基于矩阵分解的聚类方法，它将数据矩阵分解为两个非负矩阵，其中一个矩阵代表样本的特征，另一个矩阵代表基因的贡献。因此，将行作为样本、列作为基因可以更好地应用NMF聚类方法。 K-means聚类是一种基于样本之间距离的聚类方法，通过计算样本之间的距离来将它们分组。将行作为样本、列作为基因可以更方便地计算样本之间的距离，并进行K-means聚类分析。因此，为了分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行共识聚类、NMF聚类和K-means聚类分析。

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发布时间: 2023-07-14 15:54

更新时间: 2023-07-15 18:11

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