bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1136: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 900 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 1017 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 1015 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

R报错: 971 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 1119 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mummer运行时报错: 772 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

reads比对的统计: 536 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

nextpolish二代三代纠错报错N过多: 1209 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

samtools view筛选cellranger比对结果: 681 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tophat报错 & cufflinks安装报错: 883 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 1289 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 2085 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 802 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 854 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 894 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 914 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 664 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?: 533 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 23年生信NCCL室间质评: 1058 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024