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如何知道自己测序的adapter序列？

测序的adapter序列是需要测序公司提供还是自己用什么软件也可以查看到？
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Jarning
Jarning 初级会员 用户来自于: 安徽省合肥市
2018-08-26 08:36
可以利用fastqc先对你手里的数据进行质控，在fastqc report中的最后一栏 里，fastqc会将你数据中的adapter列出。参考fastqc的官方文档： [url]https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis%20Modules/10%20Adapter%20Content.html[/url]  当然，这个时候，你只知道adapter的name，如果要对应序列，可以参考： [url]https://github.com/csf-ngs/fastqc/blob/master/Contaminants/contaminant_list.txt[/url]  目前测序数据中最有可能出现的adapter基本上就是illumina universal adapter了，其序列如下 >Multiplexing_Read_1_Sequencing_Primer_3_to_5 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT >Multiplexing_Read_2_Sequencing_Primer_3_to_5 AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC   公司能直接提供adapter序列是最好的。
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GDCDC 初级会员

这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间
2018-08-25 18:05
更新时间
2018-08-26 08:37
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