从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1323: 浏览

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

bam

想换个基因组版本比对，但是只有bam文件了，请问从bam文件还能提取出来比对之前的fastaq文件吗？

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-19 20:10

就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。

赞同 1 0评论

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-19 18:15

回答： 从bam文件中提取出比对前的fastaq文件是不可能的。因为bam文件是一个经过压缩和索引的二进制文件，它只包含比对后的信息，而不包含比对前的信息。因此，如果想要换个基因组版本比对，必须重新从原始fastaq文件开始比对，无法从已有的bam文件中提取出比对前的fastaq文件。

赞同 0 0评论

关于作者

: bioinfo_2023 注册会员
生信新手

0: 回答

0: 文章

11: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-19 18:14

更新时间: 2023-05-19 20:10

关注人数: 2 人关注

相关问题

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 1211 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 675 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？: 1178 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 789 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 765 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

sambamba使用: 963 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 1130 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列: 1117 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

基因组文件中chrUn具体是什么意思呢: 619 浏览 0 关注 0 回答 1 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 930 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly: 830 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 reads数越多，滑窗内GC含量降低: 717 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024