如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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RNA-seq count值和fpkm值不对应

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