SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1950: 浏览

SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？

用SMRT三代测序宏基因组，把拿到的bins和目标参考基因组进行比对，用Blasr比对结束后，拿到SAM或者BAM结果之后，如何对参考基因组每个contig分别生成一个base resolution covergae map（bar/curve plot)？如何对特定片段区域的coverage进行可视化？谢谢各位老师的解答

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-09 15:01

直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？可视化的话，直接用IGV

赞同 1 0评论

关于作者

: 罗本注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-08 11:01

更新时间: 2018-09-09 15:01

关注人数: 2 人关注

相关问题

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 2389 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 3836 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗: 1264 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

ChIP-seq测序深度: 2437 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

公司双端测序的数据R1R2处理: 2779 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tsRNA测序思路求助: 2501 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

T to T测序中ONT测序起到的作用: 2886 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

双端测序一定要paired去mapping吗？: 2980 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章: 2961 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？: 2729 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025