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SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？

用SMRT三代测序宏基因组，把拿到的bins和目标参考基因组进行比对，用Blasr比对结束后，拿到SAM或者BAM结果之后，如何对参考基因组每个contig分别生成一个base resolution covergae map（bar/curve plot)？如何对特定片段区域的coverage进行可视化？谢谢各位老师的解答

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-09 15:01

直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？可视化的话，直接用IGV

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: 罗本注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-08 11:01

更新时间: 2018-09-09 15:01

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