孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2023-06-19 15:44 回答了问题
转录组差异基因表达分析
Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选
孟浩巍: 不是应该直接进行聚类然后看看哪些差异大吗？
孟浩巍 在 2023-06-18 20:49 回答了问题
生信问题
转录本坐标转换成基因组坐标
孟浩巍: 关于转录组坐标转基因组坐标，我给你个神器。 这个是我之前的一位师兄写的，现在人已经在兰大独立当PI了。 https://github.com/mt1022/gppy 主要功能： python小工具，用于GTF文件信息提取，转bed12，基因组与转录本坐标互相转换。仅依赖python标...
孟浩巍 在 2023-06-18 20:45 回答了问题
转录组
无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因
孟浩巍: 一般这种就是非常典型的动态调控，常用的有下面几种做法： 1. 可以先把差异基因都找出来，然后做个heatmap 2. 把高变基因做个PCA看高权重基因； 3. 尝试WGCNA，类似可参考这篇paper (https://www.nature.com/articles/nature12364) ...
孟浩巍 在 2023-06-17 17:00 回答了问题
软件安装
conda怎么更新blastp到最新版本
孟浩巍: bioconda有的时候不提供最新版本，这时候只能自己下载最新版本进行安装，就不能再用conda了。 具体看一下这个页面。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html
孟浩巍 在 2023-06-17 16:59 回答了问题
Chip_Seq
ChIP-seq测序深度
孟浩巍: 一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。 我有两个建议： WT先去加测6个G； 在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用h...
孟浩巍 在 2023-06-17 11:01 回答了问题
二代测序
两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异
孟浩巍: 大概率你是pair end（双端）测序。 去重的时候，是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。 因此可能带有突变的序列被去重了。
孟浩巍 在 2023-06-17 10:59 回答了问题
motif分析
meme寻找大鼠的motif
孟浩巍: 你是想call motif还是怎么样？ 如果是call有没有显著富集的motif直接把peak对应的区域的fasta序列提取出来，然后跑DREME即可。
孟浩巍 在 2023-06-15 21:42 回答了问题
生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题
使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据
孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。 如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。
孟浩巍 在 2023-06-15 21:40 回答了问题
生信分析
chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping
孟浩巍: 一般不会这么分析，都是cutadapter以后直接双端序列比对。 然后比对完以后，在BAM文件里有个fragment size的记录值，你可以通过这个过滤。
孟浩巍 在 2023-06-15 21:40 回答了问题
#单细胞测序QC
smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？
孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。 直接上机可能会损失一定的测序量。
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