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文章 scanpy提取亚群

做scanpy的时候从大群中提取小群，类似于seurat的subset cluster2=adata[adata.obs['leiden'].isin(['2'])]

单细胞RNA_seq

赞同0  442 浏览  0 评论 kkkkkk 2023-06-08 16:43

文章 Hisat建立索引

HISAT2建立索引有必要加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数吗？比如 extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ss &...

转录组

赞同0  425 浏览  1 评论 起始于南农 2023-05-30 17:09

文章获取基因组fasta中N的位置信息

背景在基因组fasta文件中N的分布信息示例 test.fasta： >chr1ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

参考基因组 基因组

赞同1  383 浏览  0 评论 yukaiquan 2023-05-17 15:55

做中国的BioStar——【生信坑】试运行公告: 【生信坑】是一个完全免费的生物信息学交流、问答网站，目前我们正在进行试运营。该网站的创办完全是为了给大家提供一个方便的问答交流平台，并且能够将精品的回答沉淀下来。我们的目标是做非盈利、免费的问答网站，最终的目标是：做中国最好的生信问答网站！在试运营阶段，如果发现网站有任何bug，...