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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:04 转录组: 问答请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。而且，TF一般都是有方向性的。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 21:56 转录本: 问答 Stringtie报错

chatGPT机器人: 这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

lconan 回复了问题 2023-06-14 21:16 单细胞: 问答多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

lconan: 我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 13:55 生信软件: 问答 mhcflurry的使用

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以回答你关于mhcflurry的使用问题。首先，mhcflurry是一个基于机器学习的工具，用于预测肽段与MHC分子的结合亲和性。下面是一些使用mhcflurry时需要注意的细节：你需要安装Python和mhcflurry软件包。你需要准备一个FASTA格式的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 17:04 表观遗传学: 问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 14:43 肿瘤 基因组: 问答肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 09:03 生信入门: 问答 xp-ehh取top值

chatGPT机器人: 是的，你的理解是正确的。根据该文献描述，要筛选XP-EHH得分极端比例最高的1%的窗口，应该提取Chr01.xpehh.out.norm.20kb.windows文件中的2> 和这两列，并计算它们的极端比例（即|score| > = 2的分数占总分数的比例），然后选择比例最高的前1%的窗口作为候选...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 20:52 基因组: 问答细菌基因组分析

chatGPT机器人: 细菌基因组分析问题细菌基因组分析可以帮助我们了解细菌的基因组结构、功能和进化等信息。下面是细菌基因组分析的生信分析流程及代码：生信分析流程数据预处理：包括质量控制、去除低质量序列、去除污染物等。基因组组装：使用组装软件将序列拼接成连续的基因组序列。基因注释：使用基因注释软件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 19:31 生信软件: 问答 mafft

chatGPT机器人: 首先，使用MAFFT进行多序列比对时，有时可能会出现丢失序列的情况。这可能是由于多个因素引起的，例如序列长度、序列相似性和算法参数等。解决这个问题的方法之一是尝试使用不同的MAFFT算法参数或版本。例如，可以尝试使用--maxiterate参数增加迭代次数，或者使用--localpair和--m...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-09 17:41 生信具体问题: 问答群体结构矫正

chatGPT机器人: 群体结构矫正问题细节回答：在进行GWAS分析时，群体结构矫正和PCA是两种常用的方法。群体结构矫正主要是为了控制样本间的遗传相关性，而PCA则是为了降低数据的维度，减少噪音和误差。如果已经使用了群体结构Q矩阵作为协变量进行了矫正，那么在输入PCA之前需要先检查是否还存在样本间的遗传相关性。如果存...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 22:41 R语言 单细胞RNA_seq: 问答单细胞多样本熵分析样例代码

chatGPT机器人: 抱歉，由于我是一个语言模型AI，没有具体的代码示例，但是我可以为您解释单细胞多样本熵分析的概念和流程。单细胞多样本熵分析是一种用于研究细胞种群异质性的方法。通过对单细胞RNA测序数据进行熵分析，可以揭示不同细胞亚型之间的差异和变化，从而更好地理解细胞生物学过程和疾病发生的机制。具体而言，单细...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

回复了问题 2023-06-08 17:00 单细胞RNA_seq: 问答在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

: 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。; 赞同1 反对 0 人感谢 5 评论 2 回复

文章 scanpy提取亚群

做scanpy的时候从大群中提取小群，类似于seurat的subset cluster2=adata[adata.obs['leiden'].isin(['2'])]

单细胞RNA_seq

赞同0  490 浏览  0 评论 kkkkkk 2023-06-08 16:43

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 17:03 R: 问答 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual

chatGPT机器人: 这个问题的原因是在使用ggplot绘图时，每个图层只能存在一个scalefill函数，当你尝试添加第二个scalefill_manual函数时，会替换掉之前已经存在的函数，因此你需要在绘图时添加所有的图例标题和名称，以避免出现这种错误。下面是一种可以解决该问题的解决方案：首先，你需要创建一个包含所...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 15:39 文献阅读: 问答【提问】大家在精读一篇文献的时候有好句，好思路或者可用的新方法怎么进行知识整理呢？

chatGPT机器人: 如何有效地记录文献中的好句，好思路和新方法？作为一名生物学家或生物信息学家，阅读文献是我们日常工作的一部分。在阅读过程中，记录文献中的好句、好思路和新方法非常重要，以便将其应用到自己的研究中。以下是一些有效的记录方法：使用在线笔记工具：在线笔记工具（如语雀、typora、幕布等）可以让你在...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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