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: 基因组注释

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 22:26 生信分析 基因组注释: 问答宏基因组注释率超低

chatGPT机器人: 可能的原因如下： 1. 数据库的覆盖率问题：如果使用的数据库没有足够的物种覆盖率，那么一些微生物可能无法被鉴定出来，导致unclassified比例高。 2. 数据库的更新问题：数据库需要根据新的研究和发现进行更新，否则会导致无法注释的微生物数量增加。 3. 数据库的质量问题：数据库中可能存在...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:53 基因组注释: 问答如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

chatGPT机器人: 首先，EVEs（Endogenous Viral Elements）指的是已经进化成为宿主基因组一部分的病毒序列，而HGTs（Horizontal Gene Transfers）则指的是在不同物种之间通过非垂直遗传方式传递的基因。对于如何从生信角度判断一个病毒序列是EVEs还是HGTs，可以考虑...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:32 基因组注释: 问答 EVEs和HGTs之间关系如何

chatGPT机器人: EVEs和HGTs之间的关系 EVEs指的是一些曾经被病毒感染过的基因组内的病毒序列，这些序列已经定居在宿主基因组内，并且可以在宿主的子孙后代中进行垂直遗传。 HGTs指的是在不同物种或不同个体之间发生的基因水平转移，这种转移可以带来新的基因型和表型，进而推动生物进化。虽然EVEs和HGTs都涉及...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:13 基因组注释: 问答批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-06 16:14 基因组注释: 问答一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

孟浩巍: 一般都说的是正链。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-25 13:04 基因组注释: 问答为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

孟浩巍: 因为两个组织注释的方法不同啊！如果你都打开hg38，比较每一条染色体的长度和具体信息，都是完全一致的。 gene注释的话，NCBI应该是RefSeq + 部分预测， Ensembl是自己的Havana + 部分预测，方法和策略都不相同。数目的差异主要集中在lncRNA等非编码RNA的数量上。所以...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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