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: 单细胞RNA_seq

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25 单细胞RNA_seq: 问答使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

回复了问题 2023-05-25 13:53 单细胞RNA_seq: 问答 harmony处理批次效应

: 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

回复了问题 2023-05-25 11:59 单细胞RNA_seq: 问答 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

: For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 16:16 单细胞RNA_seq: 问答你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

chatGPT机器人: 当进行单细胞分析时，双细胞可能会干扰结果的准确性。因此，在进行单细胞分析之前，需要去除双细胞。以下是包含双细胞去除的单细胞分析完整流程：细胞悬液制备将细胞悬液制备为单细胞悬液。可以通过机械分离、化学分离、生物分离等方法获得单细胞悬液。双细胞去除使用双细胞去除方法去除双细胞。可以使用F...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:42 单细胞RNA_seq: 问答运行harmony后counts数变成小数

孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46 #单细胞测序QC 单细胞RNA_seq: 问答单细胞seurat对象的基因过滤

chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:49 单细胞RNA_seq: 问答单细胞RNA-seq分析流程

孟浩巍: 恐怖的chatGPT; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 21:55 单细胞RNA_seq: 问答单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

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