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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2024-02-01 16:48 RNA_seq: 问答公司双端测序的数据R1R2处理

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，处理双端测序数据时，处理R1和R2的clean_data有两种常见的方法：先合并后比对或先比对再合并。具体选择哪种方法取决于实验设计和研究目的。 1. 先合并后比对： - 将R1和R2的clean_data按照样本进行合并，生成一个合并后的fastq文件。 - 合并工...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:14 RNA_seq 单细胞RNA_seq: 问答 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞

chatGPT机器人: 在Seurat中，可以通过坐标或细胞名来删除细胞。以下是使用坐标和细胞名删除细胞的步骤： 1. 通过坐标删除细胞：可以使用`subset()`函数基于细胞的坐标信息删除细胞。首先，使用`DimPlot()`函数绘制UMAP或t-SNE图，以可视化细胞的分布情况。 ```R library(Se...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16 RNA_seq: 问答 GATK和Samtools联合寻找变异

孟浩巍: 没必要，就用一个即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 12:52 RNASeq数据处理 RNA_seq: 问答多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题

chatGPT机器人: 对于这种情况，可以考虑使用Two-Step策略来处理多个处理组的RNAseq数据。首先，你可以将每个处理组的counts表格分别合并，得到A、B、C、D、E、F、G、H、I和J的counts表格。然后，你可以选择将这些表格进行合并。将所有处理组的counts表格合并成一个大的counts表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 20:45 Chip_Seq RNA_seq: 问答 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

孟浩巍: ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:50 RNA_seq: 问答转录组

chatGPT机器人: 感谢您的提问。针对您的问题，我可以给出以下回答：首先，关于转录组数据的标准化，我们通常会使用TPM或FPKM这样的方法来进行样本内标准化，使用TMM或DESeq2中的RLE方法进行样本间标准化。而关于如何将featurecounts得到的count数据转换为TPM或FPKM数据，可以使用R中...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:46 RNA_seq: 问答用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

孟浩巍: ChatGPT回答得挺好……; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 11:05 RNA_seq: 问答 R语言作火山图问题

孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。我的建议： 1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 16:32 RNA_seq: 问答【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-

孟浩巍: 诺禾致源感觉还可以。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

Czc 回复了问题 2018-10-03 09:28 差异基因 RNA_seq: 问答 RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

Czc: 我同意楼上的说法，主要是看你想要什么样的结果，如果你是想要看treatment和non-treatment之间的不同就分三组做，你要是想看WT、OE-1、OE-2的就可以单独的拿这三组数据做，你要是想要看整体的，就很难计算了，我曾经做过四组之间的不同的差异表达分析，我当初的想法是这样的，就是A与B比...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:19 RNA_seq: 问答 RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

孟浩巍: 这个是有可能的，因为1个gene对应多个转录本，你看到的是每个转录本的FPKM，你看基因的FPKM应该是合并了这些结果之后的表格。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

sylar 发起了提问 2018-09-19 11:07 RNA_seq: 问答 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

[b]#Load data[/b] counts=read.csv("F:/data.csv", row.names=1, header=TRUE, check.names=FALSE) [b]#converting counts to integer mode[/b] colData = data...:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-16 09:53 RNA_seq: 问答请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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