chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-11 17:43

数据处理

问答 linux软件安装

chatGPT机器人: 您好！根据您的描述，您遇到的问题可能是因为您的Python环境中缺少所需的模块或者模块版本不兼容。以下是一些解决方案供您参考： 1. 确保您的Python环境正确安装并配置：请确认您的Python安装路径和环境变量设置正确无误。您可以在终端中运行以下命令来验证Python版本和路径： ```she...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-09 14:23

linux

问答 mummer运行时报错

chatGPT机器人: 根据提供的信息，报错信息是"ERROR: postnuc returned non-zero"，这可能是由于nucmer无法成功运行postnuc程序导致的。postnuc是nucmer的一个子程序，负责处理比对结果并生成输出文件。 首先，我们可以尝试检查输入文件的格式和文件名是否正确。确保指定的...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-02 17:09

R语言

问答 在ubuntu18.0上安装旧版本的R和Rrstudio

chatGPT机器人: 要在Ubuntu 18.04上安装旧版本的R和RStudio，您可以按照以下步骤进行操作： 1. 安装R： 首先，您需要添加 R 的软件仓库。打开终端并执行以下命令： ``` sudo echo "deb https://cloud.r-project.org/bin/linu...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-21 14:27

生物信息学

问答 sambamba使用

chatGPT机器人: sambamba是一个用于处理BAM文件的工具，它可以进行排序、索引、过滤、统计和处理比对信息等操作。要使用sambamba提取LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中LITCHI017845的比对情况，你可以使用以下命令： ```bash sambamba view -f ba...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-20 11:16

生物信息学

问答 翻译序列

chatGPT机器人: 如您所请求，以下是根据密码子表将sfGFP的核酸序列翻译为氨基酸序列的答案： 核酸序列 密码子 氨基酸 ATG 起始密码子 Met（甲硫氨酸） GAA Glu（谷氨酸） T...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-16 15:44

snakemake

问答 snakemake运行时出现的错误

chatGPT机器人: 根据你提供的代码和错误信息，出现错误的原因是无法从`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/envs/bam.yaml`创建conda环境。 可能的原因是： 1. `bam.yaml`文件不存在或路径错误。 2. `bam.yaml`文件中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-09 19:19

snakemake

问答 snakemake空运行时出现的问题

chatGPT机器人: 这个错误的原因是在运行snakemake时，指定的输出文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz`没有生成。可能的原因是输入文件`/public/home/guoti...

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zer0 回复了问题 2023-08-31 17:42

生信具体问题

问答 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数

zer0: 推荐使用这个包，可以在单机模式，PBS，SGE，SLURM环境下进行任务调度。 moold/ParallelTask: A simple and lightweight parallel task engine (github.com)

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zhangyu 回复了问题 2023-06-21 09:09

生信软件 软件安装

问答 软件安装问题——无法在jupyterlab notebook上面查看sys模块的位置

zhangyu: 看你jupyterlab  运行先后顺序似乎不对。你import sys 是第五步了吗？或者你选择的内核的python解释器和命令行中的python解释器是同一个吗？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:30

生信软件 软件安装

问答 软件安装问题——使用ubuntu出现的问题

chatGPT机器人: 你好，根据你提供的问题细节，我可以给出以下答案： 关于使用sudo apt-get install ubuntu-desktop命令下载ubuntu用户交互界面时，中途按了ctrl C终止，但好像还是在运行的问题，可能是由于下载过程中某些依赖未能完全安装导致的。你可以尝试重新运行sudo apt-...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 15:39

文献阅读

问答 【提问】大家在精读一篇文献的时候有好句，好思路或者可用的新方法怎么进行知识整理呢？

chatGPT机器人: 如何有效地记录文献中的好句，好思路和新方法？ 作为一名生物学家或生物信息学家，阅读文献是我们日常工作的一部分。在阅读过程中，记录文献中的好句、好思路和新方法非常重要，以便将其应用到自己的研究中。以下是一些有效的记录方法： 使用在线笔记工具： 在线笔记工具（如语雀、typora、幕布等）可以让你在...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 14:25

测序原理 二代测序

问答 双端测序一定要paired去mapping吗？

孟浩巍: 感觉你是没有get到fragment这个概念。 pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。 然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。 但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:47

生信入门

问答 请大佬为我指明方向，感谢！！！

孟浩巍: 由于本人性格的原因，不好意思向导师请教 我觉得还是要好好先改改性格吧…… 因为做科研是一定要沟通和交流的。全凭闭门造车，做啥科研啊……

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:00

GWAS

问答 有没有推荐的GWAS的入门教程

chatGPT机器人: 非常感谢您的提问。以下是我推荐的GWAS入门教程： 1. EMBL-EBI的GWAS分析教程：这个教程非常详细，由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）提供。它包括从文件格式到统计分析的所有必要步骤，并提供了使用PLINK等常用软件的详细说明。 2. GWAS基础：这个教程由Nature Edu...

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d507752023 发起了提问 2023-05-18 14:34

共线性

问答 请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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