海王坑 回复了问题 2018-09-15 22:17

CHIpseeker

问答 CHIPseeker

海王坑: 好吧 问题已解决 ，重新安装包加载，还给包的作者发了邮件后，竟然收到了回复，很强。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:28

WGCNA

问答 [求助]WGCNA

孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？   如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。    

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yuhang 发起了提问 2018-09-14 11:23

R语言 ggplot2

问答 R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？

  [b]我有一组数据大概是这样的，6个样品，每个设置两个不同的处理，数据测量完成之后进行T测验得到以下数据。[/b]   [b]想用ggplot2画出柱状图，同时加上误差线和差异显著性的星号（每个处理的柱子中间）。[/b] [b]类似下面的这种：[/b] [attach]217[/attach]...:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-11 14:32

热图 绘图 R语言

问答 R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例

孟浩巍: 本质上图例也是一个heatmap，我当时是使用分割画，然后再拼到一起。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:40

linux下R软件安装，可能一次性解决所有的问题

问答 ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？

孟浩巍: 1. yum是centos默认的包管理器，apt-get是ubuntu默认的包管理器，有1个就行，不用都安装。都安装就有点像360安全卫士和腾讯管家都安了一样。   2. 既然定位是gcc的问题，可以使用apt-get直接重新安装gcc就好！

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-08 22:24

Bioconductor R语言 软件安装

问答 R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？

笨阿牛: 首先感谢一下孟神！这个问题 [size=14]这个方案应该是起作用的：linux终端里输入 MAKE="make -j8"。[/size] [size=14]但是我的问题好像是：[/size]lzma.h: No such file or directory   error太多，我也不知道该怎么去解...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-07 11:01

Bioconductor R语言 软件安装

问答 R语言安装"MotIV"软件包，出现如下报错怎么办？

孟浩巍: 如果是ubuntu系统，需要安装一个库 [code]sudo apt-get install libgsl0ldbl[/code]相关信息： [code]gsl-bin: GNU Scientific Library (GSL) -- binary package libgsl0-dbg: GNU ...

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-07 10:51

RStudio

问答 服务器linux系统上安装Rstudio和相应配置问题？

笨阿牛: 这个问题对于孟神来讲是很简单的！但是对于新手入门的话，还是需要一个感同身受的教程的。作为一个新手，我之前在网上搜教程，安装了一个不能绘图的12版本，又不会卸载，只能重装系统了，咳咳！ 这个问题和我之前提问的一样，我已经解决了！这个是别人提供的教程，亲测可行！ [url]https://www.rst...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:17

统计

问答 统计学，如何从入门到放弃？

孟浩巍: 统计的话，还是如果是做生物信息学相关的内容，我推荐这么几本书： 1. 基础的 浙江大学版本 《概率论与数理统计》   2. 进阶一点的 看第8版的 Fundamentals of Biostatistics，这本书貌似还没有中文译本，所以如果觉得吃力可以且看且用；   3. 《统计学习导论》 这本书...

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minipeach 回复了问题 2018-09-01 14:03

问题求解 heatmap

问答 画heatmap出现错误提示

minipeach: 你数据中有缺失值？

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笨阿牛 回复了问题 2018-08-31 13:24

生信软件包 R语言软件包安装

问答 linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？

笨阿牛: 谢谢[url=https://www.bioinfo.info/?/people/yym0924]契卡[/url]师兄！谢谢孟神！ 问题已经解决了！     不过这里还有一些小问题： 输入命令：[size=14]apt install ​libudunits2-dev[/size] [size=14...

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契卡 回复了问题 2018-08-28 20:51

R语言 Jupyter Notebook

问答 Jupyter Notebook 下R语言kernel 启动失败

契卡: 你除了R本身之外，IRkernel也是通过conda安装的吗？

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sdge 回复了问题 2018-08-28 16:00

Bioconductor

问答 bioconductor的问题

sdge: 多谢坑主 去掉www貌似也不行> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection to 'h...

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Czc 回复了问题 2018-08-27 21:56

TCGA R语言 RStudio

问答 我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数

Czc: 这样，先??函数名，查看是否属于这个包，然后载入相关package，然后实在不行就尝试重新安装该包，再就是不同包在安装的时候好像对一些依赖的编辑包会产生冲突，最好是在重新打开Rstudio然后在不载入其他package的情况下单独测试该包

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 12:42

matplotlib Python

问答 关于python的matplotlib绘图时自动调整文字标签位置的模块

孟浩巍: 倒不是奇葩，主要是R太方便了……

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