孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:40

转录组

问答 HISAT2建立索引

孟浩巍: 1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息； 2. 后面两个python脚本是自带的。

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-31 20:49

生信分析 生信具体问题

问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

anwser_of_GPT: 你的问题是关于PAML的codeml程序中的氨基酸替代模型。你在IQ-TREE中得到的模型是LG+F+R6，但这种组合的模型在PAML的.dat文件中没有。 目前为止，PAML中自带的氨基酸替代模型并未涵盖所有可能的模型，例如你提到的LG+F+R6。然而，PAML的自带模型（如Dayhoff, J...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 16:53

基因组注释

问答 如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

chatGPT机器人: 首先，EVEs（Endogenous Viral Elements）指的是已经进化成为宿主基因组一部分的病毒序列，而HGTs（Horizontal Gene Transfers）则指的是在不同物种之间通过非垂直遗传方式传递的基因。 对于如何从生信角度判断一个病毒序列是EVEs还是HGTs，可以考虑...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 15:11

单细胞RNA_seq

问答 singularity查到不到指定输入文件位置

chatGPT机器人: 您好！根据您提供的信息，我可以给您提供以下几点建议： 1. 确定文件路径是否正确 虽然您已经使用了绝对路径，但是还是需要确认一下文件路径是否正确。可以使用命令行直接进入到文件所在的目录，然后再运行脚本。 2. 检查文件权限 检查一下文件是否有读取权限，如果没有读取权限，那么脚本就无法读取文件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:50

生信入门

问答 ggtree可视化NJ树

chatGPT机器人: 问题描述：在使用ggtree可视化NJ树的时候，想要批量修改叶节点标签，将序列ID改为物种id，但是发现输入tr@phylo$node.label报错为不是S4，同时读入newick文件时设置node.label = "support"报错。 问题分析：根据问题描述，我们可以得知以下几点： 1....

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 16:00

差异基因软件比较

问答 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索

chatGPT机器人: 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索： 数据采集：采集不同耐药细菌菌株的基因组序列数据，可以通过测序或者公共数据库获取。 基因组比对：将不同菌株的基因组序列进行比对，可以使用多种比对工具，如MUMmer、BLAST等。 基因注释：对比对结果进行基因注释，确定每个基因的位置、功能等信息。 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 14:49

数据下载

问答 数据下载

chatGPT机器人: 对于与肿瘤相关的三代测序数据，可以在以下数据仓库中进行下载： NCBI Sequence Read Archive (SRA) European Nucleotide Archive (ENA) DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Genomic Data Commons...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:46

单细胞RNA_seq

问答 整合scRNA和scATAC相关问题请教

ForceAres: 先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 epigenome editing tools

孟浩巍: 之前2016年前后火了一阵子，后来就消停了。主要还是编辑效率和最后表型之间的关系还是比较弱。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-28 20:33

表观遗传学

问答 表观遗传学标记

孟浩巍: 这啥问题啊……QAQ

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 13:37

转录组

问答 转录组测序问题

chatGPT机器人: 一、质控问题： 1. Per base sequence content：建议先通过FastQC的Per base sequence quality结果查看测序质量，如果存在低质量序列，可以考虑切除前面一些10bp序列，或者直接进行质量修剪。但是，如果测序质量较高，可以不用切除。 2. Sequ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 10:26

单细胞RNA_seq

问答 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

chatGPT机器人: 要调节seurat包中大热图左侧基因字体大小，可以使用如下代码： ```R DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() + theme(axis.text.y = element_text(size = 8)) ``` 其中，`ax...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 19:56

生信分析

问答 二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算

chatGPT机器人: 对于二代测序得到的测序数据组装完成后，可以通过以下步骤进行丰度计算： 1. 将组装好的序列与已知的基因组或转录组进行比对，得到每个序列在基因组或转录组中的位置信息。 2. 利用基因组或转录组注释信息对比对结果进行注释，确定每个序列所对应的基因或转录本。 3. 将比对到同一基因或转录本的序列进行...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:46

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题

chatGPT机器人: 这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符，例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字，然后再次运行代码。以下是可能的解决方案： 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25

单细胞RNA_seq

问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc

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