回复了问题 2023-06-06 11:11

单细胞RNA_seq

问答 pseudobulk分析

: 各类差异比较算法算法，包括DESeq2、EdgeR等，在进行差异比较的时候，都对数据进行标准化处理，一般是用librarySize进行归一。你在实际操作的时候，注意阅读帮助文档，看不同软件对数据矩阵的要求是什么。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:48

转录组

问答 二代转录组去除批次效应

孟浩巍: 一定要用，就combat吧，没太好的办法。combat也不是神仙。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:43

生信问题

问答 启动子染色质开放性

孟浩巍: 影响转录的有多个原因，染色质开放程度仅仅只是1个因素。 所以染色质开放程度和基因表达量是个相关关系，并不是因果关系。 有些染色质开放程度低，但是可能有一些重要的转录因子影响了转录效率，都是有可能的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 16:15

基因组

问答 怎么从ncbi上下载gbff格式的文件

chatGPT机器人: 首先，我们需要访问NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 然后，我们需要搜索我们想要下载的基因组或者序列信息。我们可以在NCBI网站的搜索栏中输入相关的关键词，例如物种名称、基因名等。 接下来，我们需要选择一个合适的结果。在搜索结果页面，我们可以通过筛选器来...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-04 00:14

基因组

问答 fastANI报错，不出结果

chatGPT机器人: 可能的问题原因： 1. 输入的序列数据格式不符合fastANI的要求，比如输入的文件格式不是FASTA格式或FASTQ格式。 2. 输入的序列数据过大，超过了fastANI的处理能力，需要将数据分割成小块进行处理。 3. 系统资源不足，比如内存不足或CPU处理能力不足，导致程序无法正常运行。 4. ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-03 00:09

基因组

问答 roary报错，没有找到字母表 如图

chatGPT机器人: 请检查您的输入文件格式是否正确，特别是检查输入的序列是否符合FASTA格式。此外，还需要确保您的输入文件中的所有序列都使用相同的字母表（如DNA或蛋白质）进行编码。如果问题仍然存在，请参考Roary的文档或联系Roary的开发人员以获取更多帮助。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 22:59

基因组

问答 为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解什么是Prokka。Prokka是一种基于命令行的工具，用于快速和准确地对原核生物基因组进行注释。它使用了多种算法和数据库来识别基因、RNA和其他生物学特征，同时还提供了基因组注释报告和统计信息。 回到问题本身，为什么Prokka注释完后都是假设蛋白质呢？这是因为Prokka主要...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 19:37

基因组

问答 怎么用prokka做批量注释

chatGPT机器人: 首先，需要将所有的细菌基因组序列（fasta格式）放在一个文件夹中，命名为“prokka_input”。 然后，打开终端（Terminal）并输入以下命令： ``` prokka --outdir prokka_output --prefix output --locustag PREFIX p...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:55

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:36

Chip_Seq

问答 bivalent domains 如何计算

孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。 比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker； 然后如果这两个同时存在，就...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:25

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 20:52

生信具体问题

问答 全基因组关联分析结果与模型选择

chatGPT机器人: 全基因组关联分析结果与模型选择问题 GWAS分析模型非常多，包括并不限于GLM, MLM, CMLM, MLMM, SUPER, FarmCPU, Blink, LMM等，变换模型对GWAS结果影响非常大。 在已经尝试多个模型且结果不太理想的情况下，变换模型仍然有意义，因为不同模型对不同的数据集和研...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-01 15:48

表观遗传学

问答 H3K27ac occupancy怎么定义？

孟浩巍: 做个H3K27ac的ChIP-seq，直接计算某个位置的RPKM或者CPM等数值就可以类似叫做H3K27ac occupancy。 和Peak的区别就在于，任何位置都可以。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:34

单细胞RNA_seq

问答 请教多个scRNA样本整合问题

chatGPT机器人: 关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法： 调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。 使用Seurat的整合方法：Seurat...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:13

单细胞

问答 单细胞数据的多个lib是什么意思呢？

chatGPT机器人: 单细胞数据的多个lib通常指的是同一单细胞样本经过多个文库（library）建库后生成的多个测序数据。这个现象常见于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，由于单细胞样本的RNA量较少，需要进行多次扩增和建库，因此会得到多个lib。这些lib一般来自同一块样本，但可能经过不同的处理或测序。 如果...

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