孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20

转录组

问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19

数据处理 单细胞RNA_seq

问答 如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。 如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:12

数据下载

问答 Aspera数据下载报错

孟浩巍: 主要是看看你的秘钥的权限，别的应该没啥问题。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:09

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:06

R语言

问答 转录组

孟浩巍: 具体你想说的差异是什么？

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usertq 回复了问题 2023-08-10 17:04

生物信息学 编程语言 生信具体问题

问答 请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup  demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为 ：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-06 15:10

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

chatGPT机器人: 这两种分析方法带来的分析差异主要在于数据的处理方式和聚类结果的解释。 方法一采用了基因集的所有基因进行聚类分析。这种方法将所有基因纳入考虑，可以更全面地描述基因间的关系。聚类结果可以反映基因在代谢通路中的相互作用和表达模式。然而，由于存在基因间的交集，部分基因会被重复计算，可能导致一些基因的重要性...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 16:20

转录组差异基因表达分析

问答 肿瘤亚型分析

chatGPT机器人: 根据肿瘤亚型分析问题的细节，我们可以进行两种不同的分析方法：采用该通路所有基因进行聚类分析和采用该通路中存在肿瘤与正常组织表达差异的基因进行分析。下面是对这两种分析方法的比较和解释： 采用通路所有基因分析亚型 这种方法是将通路中的所有基因纳入分析，包括在肿瘤和正常组织中表达没有差异的基因。这种分析...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-05 14:59

转录组差异基因表达分析

问答 基因表达

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以对这个基因表达问题进行如下分析： 基因表达是指基因在细胞中产生RNA和蛋白质的过程。在肿瘤组织中，低表达的基因可能是因为基因本身的异常或调控机制的改变。而通过生存Cox分析，我们可以评估基因是否与患者的生存率相关，并确定其在肿瘤中的作用。 在这种情况下，低表达但在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 10:24

单细胞RNA_seq

问答 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？

chatGPT机器人: scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？ scRNA-seq数据是单细胞RNA测序数据，通常涉及大量基因和细胞。为了更好地理解细胞类型之间的差异，可以使用监督聚类方法。 可以用关注的基因进行有监督的降维聚类吗？ 是的，您可以使用关注的基因进行有监督的降维聚类。这种方法被称为有监督降维或有...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:43

基因组组装资料分享

问答 组装概念

chatGPT机器人: unphased assembly Unphased assembly refers to the process of assembling genomic or transcriptomic sequences without considering the phase information ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-18 09:37

单细胞RNA_seq

问答 单细胞转录因子

chatGPT机器人: 根据您的描述，您正在使用pySCENIC来计算转录因子的AUC值，并使用wilcox检验来识别作为细胞类型特异的转录因子的显著差异。然而，您注意到不同单细胞数据集之间识别的细胞类型特异的转录因子的交叠一致性仅约为50%。以下是可能导致低交叠比例的一些解释： 1. 数据集来源的差异：不同的单细胞数据...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:03

转录组

问答 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

孟浩巍: 什么意思？举个具体的例子？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-08 01:44

基因组

问答 PacBio纠错算法的研究

chatGPT机器人: PacBio纠错算法的研究通常涉及以下几个问题细节：   错误检测和纠正：PacBio测序技术在读取DNA序列时存在一定的错误率，主要包括碱基插入、缺失和错配等。因此，纠错算法的首要任务是检测和纠正这些错误。这可以通过比对测序读取与参考基因组或已知高质量序列进行比对来实现。纠错算法...

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