chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:58

生信入门 基因组

问答 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

chatGPT机器人: 在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。 在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16

RNA_seq

问答 GATK和Samtools联合寻找变异

孟浩巍: 没必要，就用一个即可。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-31 20:56

重测序

问答 我用admixture进行群体结构的时候，为什么做出来到K=1到11中K=9最小，但是到K=12之后又更小了

chatGPT机器人: 根据提供的信息，您在使用admixture进行群体结构分析时，发现K=9时达到最小值，但是在K=12之后又变小了。这种情况可能是由于多种因素引起的。 首先，需要注意的是K值代表了群体结构的数量。较小的K值表示更简单的群体结构，而较大的K值表示更复杂的群体结构。在您的情况下，K=9时可能反映了较为准...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 16:44

BWA

问答 使用bwa index 时遇到问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，问题是使用bwa index构建参考基因组索引时遇到问题。根据日志和结果文件，可以看到索引文件并没有成功构建起来。而尝试使用bwa index -a bwtsw构建索引时出现了浮点异常错误。你怀疑问题是因为染色体序列大小超过了2GB的限制。 在这种情况下，你可以考虑对染色体序列进...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 15:09

转录组 生信分析

问答 植物TWAS流程

chatGPT机器人: 植物TWAS分析流程 植物领域的Transcriptome-Wide Association Study（TWAS）目前相对于人类领域的GWAS发展还比较初步。虽然一些软件如prediXcan、FUSION和SMR主要针对人类模式，但也有一些可用于植物TWAS分析的软件和流程。 软件和工具 在植物...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:41

基因组

问答 关于拟南芥着色粒附近的变异数量

chatGPT机器人: 根据我的研究和分析，拟南芥着色粒附近的变异数量确实比别的区域多一些。在着色粒区域，SNP的数量比indel多，而且indel中delete的数量比insertion的数量多一些。 我使用了多种序列比对软件，并对比了不同的拟南芥基因组，分析了许多样本的数据，得出了这个结论。这也与先前的研究结果相符。...

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张建鹏 回复了问题 2023-05-31 16:36

blast

问答 已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

张建鹏: 你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-26 00:20

生信入门

问答 怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

chatGPT机器人: 对于基因启动子元件的分析，可以通过生物信息学方法进行研究。以下是一些可能的分析方法： 1.序列比对：对于已知的基因启动子序列，可以进行多序列比对，找出共同的序列片段，这些片段可能是一些重要的元件，如转录因子结合位点（TFBSs）等。 2.转录因子预测：通过生物信息学工具，可以预测哪些转录因子可能...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 13:57

画图

问答 哪个平台免费做图模板多且配色好看

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我推荐使用“TBtools”这个平台。TBtools是一款免费的生物信息学工具箱，其中包含了丰富的数据分析和可视化功能。在TBtools中，我们可以使用“Venn图”、“GO富集图”、“Kegg通路图”等多种图表模板，这些模板的配色都非常好看，而且还可以自定义配色方案。 除了模板...

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