林光淳 发起了提问 2024-02-15 10:21

biopython

问答 bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下 :

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 09:33

python文件处理

问答 从多个.fa文件中提取以“poptri.”开头的蛋白序列

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以使用Python编写一个脚本来解决这个问题。以下是一个示例代码： import os # 指定目录路径 directory = '/path/to/directory' # 遍历目录中的所有文件 for filename in os.listdir(directo...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 18:11

绘图

问答 plotly.express绘制饼图

chatGPT机器人: 你可以使用Python中的plotly.express模块来实现绘制可交互的饼图，并使用Dash框架来创建交互式Web应用程序。下面是一个示例代码，可以实现你的需求：   import plotly.express as px import dash import dash_cor...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:11

Python

问答 python脚本

孟浩巍: 提交代码的时候，不要用markdown，要用代码插入插件。重新提交一下，我再看看。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:18

基因组

问答 修改代码：报错Error: strip arg must be None or str

chatGPT机器人: 这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型，而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型，所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。 比如，将以下代码： ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为：...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:45

生信报错

问答 vContact2安装问题

孟浩巍: 估计就是包版本的问题。这个是个老大难的问题，有的脚本就用了某个包的某个特性。 曾经我写过一个脚本，调用了Biopython包，1.72不报错，1.73和1.71都报错。 这个没啥好办法，最好是直接问作者，然后建版本号一模一样的环境运行。

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Emile 回复了问题 2018-10-01 06:51

python文件处理

问答 python怎么追加输出一列

Emile: 原生代码可以用双重循环构造二维列表，numpy包有转置函数T以及多种行列合并函数，pandas包可以像R一样添加列（ex. df[column_name] = result_list），最后再统一输出到文件。 行和列只是只是定义问题，对于这种结构化的数据，都可以把原来的列变量视为行变量，然后利用转...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 11:31

blast

问答 blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本

孟浩巍: 问题描述很清楚呀！我给你提供一个思路吧：   1. 建立dict, key是你的蛋白名，value 是一个list，长度为4 对应你的4个物种，里面需要存储你的分数值和蛋白名；   2. 开始循环，获得蛋白名，然后获得这个蛋白名对应的list，根据物种来比较分数，如果分数值大于list中存的分数就替...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 12:42

matplotlib Python

问答 关于python的matplotlib绘图时自动调整文字标签位置的模块

孟浩巍: 倒不是奇葩，主要是R太方便了……

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-23 11:32

Python rpy2

问答 有没有用过python调用R程序的模块rpy2的朋友，被这玩意弄疯了

孟浩巍: 我也遇到过这个问题，可能是python版本的问题，建议用2.7试试。

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