孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 12:55

算法 聚类分析

问答 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？

孟浩巍: closed reference:      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接扔掉； open reference：      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接当de novo的reference来用； de nov...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 10:35

GO分析 无参转录组

问答 请问无参转录组的GO分析如何进行

孟浩巍: 现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。 如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~    回头我专门写一个帖子讲这个事情。

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-08-27 21:59

blast

问答 求教一个blastn的问题

Kevin_Lyu: 这里的关于输出内容的截图的信息不完整呀，看已经截取的信息里面，norovirus所在的位置是subject_id的位置呀，往右边拉应该是可以看到identity的呀

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Czc 回复了问题 2018-08-27 21:56

TCGA R语言 RStudio

问答 我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数

Czc: 这样，先??函数名，查看是否属于这个包，然后载入相关package，然后实在不行就尝试重新安装该包，再就是不同包在安装的时候好像对一些依赖的编辑包会产生冲突，最好是在重新打开Rstudio然后在不载入其他package的情况下单独测试该包

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pagu 回复了问题 2018-08-27 21:56

生信入门

问答 请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了

pagu: 额……神奇的我保留了一份，看一下可以用不，理论上说应该没问题，这貌似是个二进制文件，不用安装直接使用的那种

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pagu 回复了问题 2018-08-27 21:51

linux网络配置 linux Rstudio搭建

问答 Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？

pagu: 提问的时候参考坑主的“提问正确姿势”，群公告里边应该是有的~   这个问题需要先说清楚是什么平台，什么系统，虚拟机还是直接硬盘安装的，然后才好进行后续的回复；   自己查错的话，首先得确认下自己是否能连外网，ping一下baidu试试看； 确认ok的话，考虑更换下载的源，比如你这上边下载Anacon...

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minipeach 回复了问题 2018-08-27 18:27

SPSS

问答 求SPSS好的教材

minipeach: 链接:https://pan.baidu.com/s/1Qk4aSzsU5m-9bkxpKwLHyA 密码:500r

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jailyn 回复了问题 2018-08-27 16:58

Google

问答 mac如何打开Google的网页？

jailyn: http://ac.scmor.com，这个可以

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 15:33

芯片数据分析

问答 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

孟浩巍: take this [url]http://aroma-project.org/[/url]  

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-27 12:42

matplotlib Python

问答 关于python的matplotlib绘图时自动调整文字标签位置的模块

孟浩巍: 倒不是奇葩，主要是R太方便了……

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有你就足够 回复了问题 2018-08-27 08:58

linux网络配置

问答 【求助】在Ubuntu如何上网

有你就足够: 一般都是ping命令检测一下，在具体情况分析

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woson 回复了问题 2018-08-26 22:27

碱基偏好性 统计

问答 如何计算碱基偏好性？

woson: 你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？ 如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bia...

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woson 回复了问题 2018-08-26 21:59

没事找事

问答 论单身的重要性

woson: 天高任鸟飞 海阔凭鱼跃的感觉~~~~

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-26 21:21

R语言

问答 package ‘****’ is not available (for R version 3.5.1)

孟浩巍: [size=14]readDGE应该是edgeR这个包里的函数。[/size] [size=14]edgeR包链接：[/size] [url]http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html[/url] 安装方法： [...

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Jarning 回复了问题 2018-08-26 08:36

序列处理

问答 如何知道自己测序的adapter序列？

Jarning: 可以利用fastqc先对你手里的数据进行质控，在fastqc report中的最后一栏 里，fastqc会将你数据中的adapter列出。参考fastqc的官方文档： [url]https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/He...

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