孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:04

转录组

问答 请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？

孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。 而且，TF一般都是有方向性的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 21:56

转录本

问答 Stringtie报错

chatGPT机器人: 这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： ...

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lconan 回复了问题 2023-06-14 21:16

单细胞

问答 多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

lconan: 我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-14 13:55

生信软件

问答 mhcflurry的使用

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以回答你关于mhcflurry的使用问题。 首先，mhcflurry是一个基于机器学习的工具，用于预测肽段与MHC分子的结合亲和性。下面是一些使用mhcflurry时需要注意的细节： 你需要安装Python和mhcflurry软件包。 你需要准备一个FASTA格式的...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 17:04

表观遗传学

问答 RNA结合蛋白数据库

chatGPT机器人: 常见的权威的RNA结合蛋白相关的数据库包括： RBPDB：RNA结合蛋白数据库，记录了已知的RNA结合蛋白的结构及其与RNA结合的信息。 RNA Society RBP database：RNA结合蛋白数据库，收录了已知的RNA结合蛋白及其对应的RNA互作信息。 NCBI Gene：NCBI基因...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 14:43

肿瘤 基因组

问答 肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 09:03

生信入门

问答 xp-ehh取top值

chatGPT机器人: 是的，你的理解是正确的。根据该文献描述，要筛选XP-EHH得分极端比例最高的1%的窗口，应该提取Chr01.xpehh.out.norm.20kb.windows文件中的2> 和 这两列，并计算它们的极端比例（即|score| > = 2的分数占总分数的比例），然后选择比例最高的前1%的窗口作为候选...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-10 20:52

基因组

问答 细菌基因组分析

chatGPT机器人: 细菌基因组分析问题 细菌基因组分析可以帮助我们了解细菌的基因组结构、功能和进化等信息。下面是细菌基因组分析的生信分析流程及代码： 生信分析流程 数据预处理：包括质量控制、去除低质量序列、去除污染物等。 基因组组装：使用组装软件将序列拼接成连续的基因组序列。 基因注释：使用基因注释软件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-09 17:41

生信具体问题

问答 群体结构矫正

chatGPT机器人: 群体结构矫正问题细节回答： 在进行GWAS分析时，群体结构矫正和PCA是两种常用的方法。群体结构矫正主要是为了控制样本间的遗传相关性，而PCA则是为了降低数据的维度，减少噪音和误差。 如果已经使用了群体结构Q矩阵作为协变量进行了矫正，那么在输入PCA之前需要先检查是否还存在样本间的遗传相关性。如果存...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 22:14

linux

问答 Linux中具体操作问题

chatGPT机器人: 首先，sed 's/_[1-24]//g' 的问题在于它只能匹配_1 ~ _9，而无法匹配_10 ~ _24。 因此，正确的命令应该是： sed 's/_[0-9]\{1,2\}//g' 该命令中，[0-9] 表示匹配任意一个数字，{1,2} 表示匹配一个或两个数字，因此可以正确匹配_1 ~ _...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 22:41

R语言 单细胞RNA_seq

问答 单细胞多样本熵分析样例代码

chatGPT机器人: 抱歉，由于我是一个语言模型AI，没有具体的代码示例，但是我可以为您解释单细胞多样本熵分析的概念和流程。 单细胞多样本熵分析是一种用于研究细胞种群异质性的方法。通过对单细胞RNA测序数据进行熵分析，可以揭示不同细胞亚型之间的差异和变化，从而更好地理解细胞生物学过程和疾病发生的机制。 具体而言，单细...

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回复了问题 2023-06-08 17:00

单细胞RNA_seq

问答 在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

: 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。 可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 17:03

R

问答 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual

chatGPT机器人: 这个问题的原因是在使用ggplot绘图时，每个图层只能存在一个scalefill函数，当你尝试添加第二个scalefill_manual函数时，会替换掉之前已经存在的函数，因此你需要在绘图时添加所有的图例标题和名称，以避免出现这种错误。下面是一种可以解决该问题的解决方案： 首先，你需要创建一个包含所...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 15:39

文献阅读

问答 【提问】大家在精读一篇文献的时候有好句，好思路或者可用的新方法怎么进行知识整理呢？

chatGPT机器人: 如何有效地记录文献中的好句，好思路和新方法？ 作为一名生物学家或生物信息学家，阅读文献是我们日常工作的一部分。在阅读过程中，记录文献中的好句、好思路和新方法非常重要，以便将其应用到自己的研究中。以下是一些有效的记录方法： 使用在线笔记工具： 在线笔记工具（如语雀、typora、幕布等）可以让你在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 11:18

基因组

问答 修改代码：报错Error: strip arg must be None or str

chatGPT机器人: 这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型，而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型，所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。 比如，将以下代码： ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为：...

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