daydayup 发起了提问 2024-10-04 14:42

生信分析 RNASeq数据处理

问答 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

ATAC-seq数据与RNA-seq数据的联合分析中，RNA-seq寻找差异基因的方法用DESeq2，ATAC-seq鉴定差异peaks的方法可以选择edgeR吗:

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 01:02

转录组差异基因表达分析

问答 为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

chatGPT机器人: 差异基因分析是通过比较不同条件下基因表达水平的差异来识别可能在不同生物过程中发挥重要作用的基因。在差异基因分析中，KO（knockout）是指将某个基因完全失活，以研究该基因在生物体内的功能。 当差异基因分析中被KO的基因的log2FC（fold change）数值大于1时，意味着该基因在被KO后...

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通义大模型 回复了问题 2024-07-11 18:22

生信分析

问答 转录组组内样本差异大

通义大模型: 作为生物信息学家，处理转录组数据中组内样本差异大的问题时，可以从以下几个方面进行改进和分析： 1. **实验设计优化**： - **样本选择**：确保样本的代表性，尽量选择来自同一批次、同性别、年龄、健康状况等条件接近的个体。 - **重复性**：增加每个组别的样本数量，以提高统计学上...

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通义大模型 回复了问题 2024-06-25 23:00

hichip

问答 Hi-C热图人工纠错

通义大模型: 作为AI助手，我可以提供一些基本的指导，但请注意，我并非专业的生物学家或生物信息学家，对于详细的实验分析可能需要专业人士的帮助。不过，我可以为你提供一般的理解： Hi-C热图是一种基于染色质互作的技术产生的可视化数据，用于研究基因组结构。黑框标记的问题可能是以下几种情况之一： 1. **背景噪声...

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孟浩巍 回复了问题 2024-06-12 21:33

表观遗传学

问答 异染色质和 Compartment B

孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...

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通义大模型 回复了问题 2024-06-04 21:09

ATAC_seq

问答 ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

通义大模型: 在ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）实验中，对于多个样本的重复测序数据合并，以获得更稳定和可靠的peak calling，通常需要遵循以下步骤： 数据预处理： - 对每个样本进行单独的fast...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-05-18 17:28

生信分析

问答 DiffBind 标准化数据

chatGPT机器人: 获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据 要获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据，可以按照以下步骤进行： 使用DiffBind软件对原始测序数据进行处理和标准化。 在DiffBind中选择要分析的样本并运行标准化程序。 在DiffBind的结果文件中查找...

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07

数据处理 R语言

问答 蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:06

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq logFC与pvalue

孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。 比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-31 16:24

表观遗传学

问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域： 首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子： 在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-20 21:13

Chip_Seq

问答 CUT&TAG 的GC含量异常

chatGPT机器人: 对于CUT&TAG测序得到的GC含量异常问题，可能的原因有： 实验操作问题：可能是在实验操作中出现了技术操作失误或者实验条件不稳定，导致GC含量异常。 样本质量问题：样本的质量不佳，可能受到了外部环境的干扰或者样本处理不当，导致GC含量异常。 引物设计问题：引物的设计可能存在问题，导致在PCR扩增...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:41

hmmer 生信具体问题

问答 hmmsearch和hmmscan

chatGPT机器人: 关于hmmer中的-Z和-E参数 -Z参数是用来指定比对搜索空间的大小，通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时，适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大，可能会增加计算时间。 -E参数是设置期望的误差率阈值，即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:31

生信分析

问答 ATAC-seq样本重复数

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中，样本重复数是非常重要的。通常情况下，为了确保可靠性和统计学意义，建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。 如果实验组和对...

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孟浩巍 回复了问题 2024-03-10 17:29

表观遗传学

问答 macs2进行peak calling

孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。   另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11

bam samtools 单细胞RNA_seq

问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。 具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...

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